Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A68 F1 I1 R1
|
17 |
56.4 |
3914180 |
96.2% |
3765441 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,167,434 |
T→C |
V825A (GTT→GCT) |
rpoC → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,167,434 | 0 | T | C | 97.3%
| 144.4
/ ‑5.5
| 37 | V825A (GTT→GCT) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/15); total (21/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCT > REL606/4167361‑4167506
|
gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTa < 2:387447/76‑1 (MQ=255)
gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTCGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTa < 1:1538362/76‑1 (MQ=255)
gTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAgg > 1:1080554/1‑76 (MQ=255)
gACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACg < 1:837430/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTGGTTACAGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTAGCGAGGGTGGTGACGtt < 2:720266/76‑1 (MQ=255)
ggtggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTaaa > 1:1220379/1‑76 (MQ=255)
tggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAaga < 2:672916/76‑1 (MQ=255)
tggtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAaga < 1:1468779/76‑1 (MQ=255)
gtTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGc > 1:843885/1‑76 (MQ=255)
aCCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGc < 2:1526707/76‑1 (MQ=255)
ccGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCt > 2:290183/1‑76 (MQ=255)
aGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTgcgc < 1:784485/76‑1 (MQ=255)
gATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc > 2:1633481/1‑76 (MQ=255)
gATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc > 1:196510/1‑76 (MQ=255)
aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcg > 1:938186/1‑76 (MQ=255)
tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcgcg < 1:238830/76‑1 (MQ=255)
gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:1121131/1‑76 (MQ=255)
gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:596521/1‑76 (MQ=255)
gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGt > 1:852348/1‑76 (MQ=255)
tgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTa > 1:397037/1‑76 (MQ=255)
tgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTa > 2:1923714/1‑76 (MQ=255)
aTGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCg > 1:1267171/1‑76 (MQ=255)
tGAAGGTATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgt > 1:300671/1‑76 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct > 1:1825546/1‑76 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct < 2:1578914/76‑1 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAct < 2:1806953/76‑1 (MQ=255)
aTCATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg > 1:1420139/1‑76 (MQ=255)
cATGATGACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgct < 1:603182/76‑1 (MQ=255)
atgatgACTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgctg > 1:702461/1‑76 (MQ=255)
tgatgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGa > 2:1608448/1‑76 (MQ=255)
tgatgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGa > 2:413493/1‑76 (MQ=255)
tgaCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGa > 2:1839818/1‑76 (MQ=255)
aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg < 1:1729010/76‑1 (MQ=255)
aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg > 1:685153/1‑76 (MQ=255)
aCTCCGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACg < 1:1279458/76‑1 (MQ=255)
cGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCt < 2:1409528/76‑1 (MQ=255)
cGGCTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCt < 2:495545/76‑1 (MQ=255)
|
GTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCT > REL606/4167361‑4167506
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
