Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A72 F1 I1 R1
|
16 |
60.6 |
3810144 |
97.0% |
3695839 |
75.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,613,023 |
A→C |
intergenic (‑84/+99) |
dctA ← / ← yhjK |
C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,613,023 | 0 | A | C | 93.4%
| 313.6
/ 6.8
| 76 | intergenic (‑84/+99) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base C (32/39); total (33/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
AGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTT > REL606/3612952‑3613095
|
aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATg < 1:1764930/76‑1 (MQ=255)
aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATg < 1:1764914/76‑1 (MQ=255)
aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATg < 1:493924/76‑1 (MQ=255)
aGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATg > 2:1162372/1‑76 (MQ=255)
gTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGt > 1:147808/1‑76 (MQ=255)
aaaaCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc < 1:64517/76‑1 (MQ=255)
aCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTg > 1:391142/1‑76 (MQ=255)
aCCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTg > 1:892851/1‑76 (MQ=255)
ccACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCTTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTgg < 1:108004/76‑1 (MQ=255)
ccACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTgg < 1:370812/76‑1 (MQ=255)
acaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGAt < 1:1364293/76‑1 (MQ=255)
acaGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGAt > 2:1668303/1‑76 (MQ=255)
caGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATc > 1:1890498/1‑76 (MQ=255)
aGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCa < 2:1873653/76‑1 (MQ=255)
aGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCa > 2:615453/1‑76 (MQ=255)
gATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCAt < 1:1450/76‑1 (MQ=255)
gATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCAt < 1:1483471/76‑1 (MQ=255)
gATCTTGTAAGATTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAt < 2:401215/76‑1 (MQ=255)
tCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATaa > 1:351211/1‑76 (MQ=255)
cTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAt < 1:896854/76‑1 (MQ=255)
ttGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAtt < 2:1363176/76‑1 (MQ=255)
ttGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAtt < 2:521133/76‑1 (MQ=255)
tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg > 1:695396/1‑76 (MQ=255)
tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg < 2:970058/76‑1 (MQ=255)
tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTg < 2:970073/76‑1 (MQ=255)
gTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGa < 2:808241/76‑1 (MQ=255)
gTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGa > 2:478477/1‑76 (MQ=255)
aaGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGaaa > 2:307449/1‑76 (MQ=255)
aGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAAc > 2:333181/1‑76 (MQ=255)
ggTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACa < 1:1203561/76‑1 (MQ=255)
gTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACaa > 2:1131731/1‑76 (MQ=255)
ttATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACaaa > 1:407527/1‑76 (MQ=255)
tATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTAAAACaaaa < 1:505582/76‑1 (MQ=255)
tGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAg > 1:1305352/1‑76 (MQ=255)
ggggTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAgg > 1:1452337/1‑76 (MQ=255)
ggTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGtt < 1:270538/76‑1 (MQ=255)
ggTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGtt < 1:1162372/76‑1 (MQ=255)
gTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTCCCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTa < 2:1219260/76‑1 (MQ=255)
gTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTa > 2:775776/1‑76 (MQ=255)
tACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaa < 2:1458420/76‑1 (MQ=255)
aCCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaaa > 2:1743435/1‑76 (MQ=255)
cTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTaaaaa > 2:627710/1‑76 (MQ=255)
cGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGtt > 2:171916/1‑76 (MQ=255)
ggCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt > 1:1266692/1‑76 (MQ=255)
ggCCTTAAAATAACACACAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt < 2:548621/76‑1 (MQ=255)
gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTg < 1:145029/76‑1 (MQ=255)
gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTg < 2:134789/76‑1 (MQ=255)
cTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAg < 2:282207/76‑1 (MQ=255)
ttAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGc > 1:13635/1‑76 (MQ=255)
tAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCt < 2:311241/76‑1 (MQ=255)
tAAAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCt > 1:705702/1‑76 (MQ=255)
aaaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTg < 2:1890498/76‑1 (MQ=255)
aaaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTg < 1:855738/76‑1 (MQ=255)
aaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTgg > 2:1374700/1‑76 (MQ=255)
aaaTAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTgg < 2:1308598/76‑1 (MQ=255)
tAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTc > 1:1158791/1‑76 (MQ=255)
acCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGcac < 1:1268630/76‑1 (MQ=255)
acCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGcac < 1:27424/76‑1 (MQ=255)
aGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAc > 2:187858/1‑76 (MQ=255)
gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:161957/76‑1 (MQ=255)
gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:608701/76‑1 (MQ=255)
gACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAAcc < 2:1638115/76‑1 (MQ=255)
acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa < 2:584640/76‑1 (MQ=255)
acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa < 2:1869776/76‑1 (MQ=255)
acaacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCa > 2:1456872/1‑76 (MQ=255)
caacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg < 1:1785958/76‑1 (MQ=255)
caacaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg < 1:1825127/76‑1 (MQ=255)
acaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCa < 1:628511/76‑1 (MQ=255)
acaTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCa > 1:1776228/1‑76 (MQ=255)
caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:1609846/1‑76 (MQ=255)
caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:661994/1‑76 (MQ=255)
caTCACAGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCAc > 2:1558435/1‑76 (MQ=255)
cacaGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttt < 1:1185365/76‑1 (MQ=255)
acaGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACtttt < 2:1750525/76‑1 (MQ=255)
caGCAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 2:575984/1‑76 (MQ=255)
caGCAATGTACCTGGATCATAATTCAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 1:1597173/1‑76 (MQ=255)
|
AGTAAAACCACAGATCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTT > REL606/3612952‑3613095
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
