Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A58 F1 I1 R1
|
18 |
55.3 |
3756050 |
96.8% |
3635856 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,928,783 |
G→T |
Q189H (CAG→CAT) |
rho → |
transcription termination factor Rho |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,928,783 | 0 | G | T | 100.0%
| 213.3
/ NA
| 54 | Q189H (CAG→CAT) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (24/30); total (24/30) |
CATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTCC > REL606/3928710‑3928854
|
cATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATaa > 2:702476/1‑76 (MQ=255)
aTCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAAc > 1:78546/1‑76 (MQ=255)
aTCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAAc > 2:1472139/1‑76 (MQ=255)
cACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACAt > 1:1233141/1‑76 (MQ=255)
cACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACAt > 1:1393905/1‑76 (MQ=255)
aCCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACAtt > 1:63304/1‑76 (MQ=255)
aCCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACAtt < 1:1715093/76‑1 (MQ=255)
tATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCt > 1:1778086/1‑76 (MQ=255)
tCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCa < 1:1382649/76‑1 (MQ=255)
cGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCag < 1:247736/76‑1 (MQ=255)
gTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCagag < 1:1517391/76‑1 (MQ=255)
gcGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGc < 2:468777/75‑1 (MQ=255)
cGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCa > 1:671982/1‑76 (MQ=255)
tGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCAtt < 2:971509/76‑1 (MQ=255)
ggTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTg > 2:1165671/1‑76 (MQ=255)
cAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCtt < 2:1673358/76‑1 (MQ=255)
cAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCtt < 2:651018/76‑1 (MQ=255)
cAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCtt < 1:1144386/76‑1 (MQ=255)
cAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCtt > 1:380636/1‑76 (MQ=255)
cAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCtt < 1:1665427/76‑1 (MQ=255)
gggTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTAc < 1:1153421/74‑1 (MQ=255)
gCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTAc < 1:1720645/76‑1 (MQ=255)
gTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACaa < 1:984390/76‑1 (MQ=255)
tGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAac < 1:1464365/76‑1 (MQ=255)
tGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAac > 1:186504/1‑76 (MQ=255)
ggTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAacc < 1:924455/76‑1 (MQ=255)
ggTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAacc < 2:1098873/76‑1 (MQ=255)
tCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAaccac < 2:305801/76‑1 (MQ=255)
cTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAaccacc > 2:1364801/1‑76 (MQ=255)
ttGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGa > 2:448288/1‑76 (MQ=255)
gtgGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGAtt > 1:79241/1‑76 (MQ=255)
gtgGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGAtt < 2:1219643/76‑1 (MQ=255)
tgGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATtg < 2:1000514/76‑1 (MQ=255)
aCCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATtgtgtg > 2:264428/1‑76 (MQ=255)
aCCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATtgtgtg < 2:1310265/76‑1 (MQ=255)
gccgAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTg < 2:204936/76‑1 (MQ=255)
ccgAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACAACCCGGATTGTGTGCTGa > 2:210314/1‑76 (MQ=255)
aaaGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATgg > 2:1682789/1‑76 (MQ=255)
aaaGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACACCGATTGTGTGCTGATgg > 2:1085793/1‑76 (MQ=255)
gCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTc > 1:378626/1‑76 (MQ=255)
ccGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTct < 2:1183822/76‑1 (MQ=255)
ccGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTct < 2:270883/76‑1 (MQ=255)
ccGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTct < 1:364200/76‑1 (MQ=255)
cGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTctg < 2:668729/76‑1 (MQ=255)
tAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTctgctg > 2:1327953/1‑76 (MQ=255)
tAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTctgctg > 2:292431/1‑76 (MQ=255)
tAAAACCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTctgctg < 1:820924/76‑1 (MQ=255)
aaaCCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGAt < 2:1505636/76‑1 (MQ=255)
aaaCCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGAt < 2:1269120/76‑1 (MQ=255)
aaCCATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATc < 1:1353691/76‑1 (MQ=255)
ccATGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATcga < 1:89927/76‑1 (MQ=255)
aTGCTGCTGCATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATcgacg > 2:222023/1‑76 (MQ=255)
ctgcATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTc > 2:103857/1‑76 (MQ=255)
tgcATAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTcc > 1:1109164/1‑76 (MQ=255)
|
CATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAACCACCCGGATTGTGTGCTGATGGTTCTGCTGATCGACGAACGTCC > REL606/3928710‑3928854
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
