Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A135 F1 I1 R1
|
14 |
200.0 |
12709596 |
94.6% |
12023277 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,886,204 |
G→A |
intergenic (‑34/+635) |
yobF ← / ← yebO |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 98.7%
| 892.8
/ ‑1.6
| 222 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base A (106/113); total (109/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276
|
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tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca < 1:1365493/76‑1 (MQ=255)
tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca < 2:4438506/76‑1 (MQ=255)
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aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt < 1:1431437/76‑1 (MQ=255)
aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt < 1:3235568/76‑1 (MQ=255)
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cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 2:1967163/76‑1 (MQ=255)
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tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc < 1:4815032/76‑1 (MQ=255)
tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc > 2:5853079/1‑76 (MQ=255)
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cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:3469537/1‑76 (MQ=255)
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cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt < 2:5018910/76‑1 (MQ=255)
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tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa < 1:1514776/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 2:2427269/1‑76 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 1:6161717/1‑76 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACGTACAACGTTAAtt < 1:5796311/76‑1 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt < 1:44188/76‑1 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt < 2:2850983/76‑1 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt > 2:3726398/1‑76 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt > 1:6101444/1‑76 (MQ=255)
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ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa > 1:3799604/1‑76 (MQ=255)
ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa > 1:2773074/1‑76 (MQ=255)
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gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 1:862901/76‑1 (MQ=255)
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aaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGc < 2:5081292/76‑1 (MQ=255)
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cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt < 2:3496747/76‑1 (MQ=255)
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acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa < 1:2525242/76‑1 (MQ=255)
acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa < 1:663580/76‑1 (MQ=255)
acaTAAACAGAACGGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa < 2:6175498/76‑1 (MQ=255)
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tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc > 2:3785945/1‑76 (MQ=255)
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aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACAt > 1:3155808/1‑76 (MQ=255)
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cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:5678483/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:5284991/1‑76 (MQ=255)
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aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtctc < 2:1624986/76‑1 (MQ=255)
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cTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGa > 1:5267482/1‑76 (MQ=255)
tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 1:3205941/1‑38 (MQ=255)
tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt > 1:2232844/1‑76 (MQ=255)
gTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATc < 1:6255317/76‑1 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa > 2:6048428/1‑76 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 1:2197891/76‑1 (MQ=255)
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aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 2:5711132/76‑1 (MQ=255)
aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:4085544/76‑1 (MQ=255)
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ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 1:3515276/76‑1 (MQ=255)
ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 1:164447/76‑1 (MQ=255)
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tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg < 1:56697/76‑1 (MQ=255)
tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg < 2:3057407/76‑1 (MQ=255)
tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg > 2:2149928/1‑76 (MQ=255)
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cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc < 1:2587448/76‑1 (MQ=255)
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aaCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaaa > 1:4348114/1‑76 (MQ=255)
aCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAt > 2:3201490/1‑76 (MQ=255)
cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc < 1:4710811/76‑1 (MQ=255)
gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg < 2:3852661/76‑1 (MQ=255)
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aaaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGa > 2:1953442/1‑76 (MQ=255)
aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:2051753/76‑1 (MQ=255)
aaTCTATTAGCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:5158171/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 1:1897695/1‑76 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 2:2723074/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 2:1192093/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 1:4564663/1‑76 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 1:1013342/1‑76 (MQ=255)
|
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
