Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A55 F1 I1 R1
|
18 |
62.6 |
3986840 |
96.5% |
3847300 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,886,204 |
G→A |
intergenic (‑34/+635) |
yobF ← / ← yebO |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 98.8%
| 320.8
/ ‑4.2
| 80 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (39/40); total (40/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
TGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATA > REL606/1886133‑1886275
|
tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat < 2:1689138/76‑1 (MQ=255)
gtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATc > 1:1488574/1‑76 (MQ=255)
tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATca > 1:642782/1‑76 (MQ=255)
tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 2:1530826/1‑76 (MQ=255)
tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca < 2:1725776/76‑1 (MQ=255)
aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACAt > 2:1231942/1‑76 (MQ=255)
cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 2:758243/76‑1 (MQ=255)
cTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATa < 2:212599/76‑1 (MQ=255)
tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc > 2:1287705/1‑76 (MQ=255)
cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:229930/1‑76 (MQ=255)
cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa < 2:794508/76‑1 (MQ=255)
cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:1426793/1‑76 (MQ=255)
aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 2:27519/1‑76 (MQ=255)
aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa < 2:428766/76‑1 (MQ=255)
aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 2:1213455/1‑76 (MQ=255)
aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa < 2:1131554/76‑1 (MQ=255)
tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa < 2:1840256/76‑1 (MQ=255)
tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa < 1:932217/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 1:1369469/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 1:1369462/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 2:912594/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt < 1:1025154/76‑1 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt < 1:236189/76‑1 (MQ=255)
ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa > 2:1583027/1‑76 (MQ=255)
ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa < 2:360981/76‑1 (MQ=255)
tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:548003/1‑76 (MQ=255)
tGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGc > 2:1610978/1‑76 (MQ=255)
gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa > 1:1247491/1‑76 (MQ=255)
aaaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCaa > 2:877376/1‑76 (MQ=255)
aaaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCaa < 2:1467584/76‑1 (MQ=255)
aaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAg < 1:1441107/76‑1 (MQ=255)
aaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGc > 2:689284/1‑76 (MQ=255)
aaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGc > 1:795172/1‑76 (MQ=255)
tGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCa < 2:693650/76‑1 (MQ=255)
tGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCa < 2:1746483/76‑1 (MQ=255)
cacacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttt < 2:1388042/76‑1 (MQ=255)
cacacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttt > 1:614398/1‑76 (MQ=255)
cacacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttt > 1:1278745/1‑76 (MQ=255)
acacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAtttt > 1:146864/1‑76 (MQ=255)
cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt > 2:1128169/1‑76 (MQ=255)
cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt > 2:338187/1‑76 (MQ=255)
cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt < 2:1917787/76‑1 (MQ=255)
cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt > 2:1552235/1‑76 (MQ=255)
acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa > 1:468655/1‑76 (MQ=255)
acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa < 2:585566/76‑1 (MQ=255)
acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa > 1:445624/1‑76 (MQ=255)
aTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTaaa < 1:1683207/76‑1 (MQ=255)
aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 2:1520811/1‑76 (MQ=255)
aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 2:1590879/1‑76 (MQ=255)
aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 1:298702/1‑76 (MQ=255)
aCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATg < 2:176810/76‑1 (MQ=255)
aCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATg < 2:176825/76‑1 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:7022/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:829402/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:1949500/1‑76 (MQ=255)
aGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtc > 1:774457/1‑76 (MQ=255)
gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 2:1671777/76‑1 (MQ=255)
aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg < 2:786898/76‑1 (MQ=255)
aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg < 1:364016/76‑1 (MQ=255)
aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg < 2:1316427/76‑1 (MQ=255)
cTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGa > 2:1550800/1‑76 (MQ=255)
cTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGa > 2:252970/1‑76 (MQ=255)
tGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGAt > 1:315243/1‑76 (MQ=255)
aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 2:1808501/76‑1 (MQ=255)
aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 2:941642/76‑1 (MQ=255)
ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 1:980070/76‑1 (MQ=255)
ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 2:1798339/76‑1 (MQ=255)
cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 1:476836/1‑76 (MQ=255)
tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 2:663248/1‑76 (MQ=255)
aCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAt < 2:1380025/76‑1 (MQ=255)
aCCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAt < 2:927729/76‑1 (MQ=255)
ccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtct > 1:974786/1‑76 (MQ=255)
ccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtct < 2:1653494/76‑1 (MQ=255)
cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc < 2:1129002/76‑1 (MQ=255)
cGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtctc < 1:1745136/76‑1 (MQ=255)
gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 2:678387/1‑76 (MQ=255)
gAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg < 1:222901/76‑1 (MQ=255)
aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1893855/76‑1 (MQ=255)
aaTCTATTATCACACACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1849948/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 2:1874635/1‑76 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa > 2:1805571/1‑76 (MQ=255)
|
TGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATA > REL606/1886133‑1886275
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
