Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A47 F1 I1 R1
|
17 |
69.1 |
4502028 |
96.3% |
4335452 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,886,204 |
G→A |
intergenic (‑34/+635) |
yobF ← / ← yebO |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,886,204 | 0 | G | A | 92.5%
| 323.9
/ 12.3
| 93 | intergenic (‑34/+635) | yobF/yebO | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base A (53/33); total (57/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276
|
cgtGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTAtt < 1:1205426/76‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTa < 1:1572386/76‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTa > 2:61455/1‑76 (MQ=255)
gtgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTa > 1:1454619/1‑76 (MQ=255)
gtgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTa > 1:1454606/1‑76 (MQ=255)
tgtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCtattat > 1:1906877/1‑76 (MQ=255)
gtTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATc > 1:1592682/1‑76 (MQ=255)
tttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATca > 1:1734182/1‑76 (MQ=255)
ttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcac > 1:923845/1‑76 (MQ=255)
ttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcac > 1:590529/1‑76 (MQ=255)
ttACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcac < 1:399712/76‑1 (MQ=255)
aCTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATcacan < 1:1323177/76‑2 (MQ=255)
tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc < 2:2222488/76‑1 (MQ=255)
tCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAc < 1:1432564/76‑1 (MQ=255)
cAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACa > 2:806005/1‑76 (MQ=255)
aGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACaa > 1:845173/1‑76 (MQ=255)
ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc < 1:343759/76‑1 (MQ=255)
ggACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAAc < 2:1350338/76‑1 (MQ=255)
aCTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGt < 1:286233/76‑1 (MQ=255)
aCTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGt < 1:1014675/76‑1 (MQ=255)
cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt > 1:1399399/1‑76 (MQ=255)
cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt > 2:623072/1‑76 (MQ=255)
cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt > 2:840779/1‑76 (MQ=255)
cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt < 1:919414/76‑1 (MQ=255)
cttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGtt > 1:2075182/1‑76 (MQ=255)
ttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTa > 2:743075/1‑76 (MQ=255)
ttcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTa > 2:743091/1‑76 (MQ=255)
tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa > 1:1609050/1‑76 (MQ=255)
tcttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTaa < 1:1321018/76‑1 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 2:1998380/1‑76 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 1:1696823/1‑76 (MQ=255)
cttTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAt > 1:1270983/1‑76 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt > 2:537560/1‑76 (MQ=255)
tttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAAtt > 1:987190/1‑76 (MQ=255)
ttACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTa > 1:1413451/1‑76 (MQ=255)
tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt < 1:135527/76‑1 (MQ=255)
tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:104809/1‑76 (MQ=255)
tACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTAt > 1:1774031/1‑76 (MQ=255)
aCTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATg < 1:202758/76‑1 (MQ=255)
gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 1:2133754/76‑1 (MQ=255)
gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa > 1:632858/1‑76 (MQ=255)
gAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCa < 1:56793/76‑1 (MQ=255)
aaaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCaa > 2:1886421/1‑76 (MQ=255)
aaaaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCaa > 2:1464318/1‑76 (MQ=255)
aaTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGc < 1:2183074/76‑1 (MQ=255)
aTGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATAAAACGTTAATTATGGCAAGcc > 1:2128231/1‑76 (MQ=255)
ccACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAtt < 1:2061575/76‑1 (MQ=255)
acacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAtttt > 2:2190385/1‑76 (MQ=255)
cacaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCAttttt < 1:537560/76‑1 (MQ=255)
acaTAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTa > 1:1889246/1‑76 (MQ=255)
tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATCCAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc > 2:1021494/1‑76 (MQ=255)
tAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAAc > 2:467562/1‑76 (MQ=255)
aaaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACa > 1:1265208/1‑76 (MQ=255)
aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACAt < 1:2097524/76‑1 (MQ=255)
aaCAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACAt > 2:775331/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 1:2162943/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 1:377273/1‑76 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt < 1:1235565/76‑1 (MQ=255)
cAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGt > 2:797749/1‑76 (MQ=255)
aGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtc > 2:803945/1‑76 (MQ=255)
gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct < 2:1410155/76‑1 (MQ=255)
gAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtct > 2:1274740/1‑76 (MQ=255)
aaCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGtctc > 2:674064/1‑76 (MQ=255)
aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg > 2:1570234/1‑76 (MQ=255)
aCTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCg > 2:1976967/1‑76 (MQ=255)
cTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGa < 1:8887/76‑1 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa > 2:1877001/1‑76 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 2:735302/76‑1 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa > 1:534477/1‑76 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa > 1:41310/1‑76 (MQ=255)
tACCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCa < 1:2160634/76‑1 (MQ=255)
aCCTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAg < 1:1824140/76‑1 (MQ=255)
ccTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGa < 1:1965936/76‑1 (MQ=255)
cTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGAc > 1:159782/1‑76 (MQ=255)
cTCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGAc > 1:1010209/1‑76 (MQ=255)
tCGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACg < 2:1457946/76‑1 (MQ=255)
cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 1:2179832/1‑76 (MQ=255)
cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 1:2235409/1‑76 (MQ=255)
cGTTTAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGc > 1:36448/1‑76 (MQ=255)
tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 2:974701/1‑76 (MQ=255)
tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 1:1167864/1‑76 (MQ=255)
tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 1:2148289/1‑76 (MQ=255)
tAACCCGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACaa > 2:1503022/1‑76 (MQ=255)
cccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAANtc < 2:1590343/76‑1 (MQ=255)
cccGAAATCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAAtc < 2:1533992/76‑1 (MQ=255)
gAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCg > 1:1289590/1‑76 (MQ=255)
aaaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGa < 1:1868204/76‑1 (MQ=255)
aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCgct < 2:941834/76‑3 (MQ=255)
aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1318088/76‑1 (MQ=255)
aaTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGAt < 1:1228457/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 1:813562/76‑1 (MQ=255)
aTCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATa < 2:440100/76‑1 (MQ=255)
tCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc > 2:755668/1‑76 (MQ=255)
tCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc > 2:1678265/1‑76 (MQ=255)
tCTATTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAc < 1:805174/76‑1 (MQ=255)
|
CGTGTTTACTCAGGACTTCTTTACTGAAAATGCCACACATAAACAGAACTGTACCTCGTTTAACCCGAAATCTGTTATCACATACAACGTTAATTATGGCAAGCCATTTTTAAACATGTCTCGATCAGACGCACAAATCTCGATAC > REL606/1886131‑1886276
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
