Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A74 F1 I1 R1
|
16 |
49.9 |
3507628 |
96.2% |
3374338 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,444,490 |
A→C |
R5R (AGG→CGG) |
ydbD → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,444,490 | 0 | A | C | 98.3%
| 252.4
/ ‑4.2
| 60 | R5R (AGG→CGG) | ydbD | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (41/18); total (42/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
AATATACAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCAGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTCGATG > REL606/1444417‑1444560
|
aaTATACAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCgg > 2:897734/1‑76 (MQ=255)
aaTATACAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCgg > 1:356767/1‑76 (MQ=255)
atatACAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGa > 1:1219697/1‑76 (MQ=255)
tataCAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGAt > 2:1099522/1‑76 (MQ=255)
ataCAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGAtt < 2:1428555/76‑1 (MQ=255)
aaaaGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCg > 1:516817/1‑76 (MQ=255)
aaGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGc > 2:1293928/1‑76 (MQ=255)
aaGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGc > 2:1257501/1‑76 (MQ=255)
aaGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGc > 2:1223478/1‑76 (MQ=255)
gAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTggg > 2:829778/1‑75 (MQ=255)
aaaGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTgggt > 1:1033403/1‑74 (MQ=255)
aaaGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGAt > 2:463181/1‑76 (MQ=255)
aaaGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGAt < 2:1664261/76‑1 (MQ=255)
aaaGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCAGGATTTGCGGCTGGAt > 2:1343809/1‑76 (MQ=255)
aGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAg > 2:558367/1‑76 (MQ=255)
aTTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGGTAGGTTTAc > 1:634867/1‑76 (MQ=255)
aTTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTAc < 1:103231/76‑1 (MQ=255)
aTTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTAc > 1:1666268/1‑76 (MQ=255)
ttCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACtt > 1:1158621/1‑76 (MQ=255)
ntCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGGTAGGTTTACtt > 1:1400828/2‑76 (MQ=255)
tCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGGTAGGTTTACTTc > 2:770128/1‑76 (MQ=255)
tCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTc > 1:1125302/1‑76 (MQ=255)
tCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTc > 2:321564/1‑76 (MQ=255)
tCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGGTTACTTc > 1:481385/1‑76 (MQ=255)
cccTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTcc < 1:61743/76‑1 (MQ=255)
ttttGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCt < 2:296053/76‑1 (MQ=255)
ttttGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCt < 2:1155714/76‑1 (MQ=255)
tttGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTg > 1:516823/1‑76 (MQ=255)
gTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGttt < 2:802205/76‑1 (MQ=255)
tttCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTa < 2:780360/76‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTAt < 1:513069/76‑1 (MQ=255)
cTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGGTTACTTCCCCTGTTTATGc > 2:1054613/1‑76 (MQ=255)
tttttAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTg < 1:138265/76‑1 (MQ=255)
tttttAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTg > 1:231109/1‑76 (MQ=255)
tttAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAg > 1:547320/1‑76 (MQ=255)
tttAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAg > 2:1558898/1‑76 (MQ=255)
tttAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAg > 2:1558894/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt > 2:1091314/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt < 2:1346042/76‑1 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt > 1:1447899/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt < 2:1476408/76‑1 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt > 2:731182/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt > 2:731194/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCt > 2:1636785/1‑76 (MQ=255)
aTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCtt > 2:1417286/1‑76 (MQ=255)
aTGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCtt > 2:1467355/1‑76 (MQ=255)
tGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTc < 2:584966/76‑1 (MQ=255)
tGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTc < 1:75622/76‑1 (MQ=255)
gCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCa > 2:1639609/1‑76 (MQ=255)
aTGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGt > 2:1114790/1‑76 (MQ=255)
tGGAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTa < 2:400063/76‑1 (MQ=255)
gAGTGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACa > 1:366147/1‑76 (MQ=255)
tGCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGc > 1:1613493/1‑76 (MQ=255)
gCATATGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCg > 1:862798/1‑76 (MQ=255)
atGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAAc < 1:1161590/76‑1 (MQ=255)
atGTTTAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAAc < 1:1071997/76‑1 (MQ=255)
tttAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTc > 2:1230818/1‑76 (MQ=255)
ttAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTCg > 1:614054/1‑76 (MQ=255)
ttAAGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTCg > 1:1357636/1‑76 (MQ=255)
aGGCCCGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTCGAtg < 2:1721162/76‑1 (MQ=255)
|
AATATACAAAAGGGAAAGATGCATTTCCCTTTTGTTTCTTTTTTAATGGCATGGAGTGCATATGTTTAAGGCCAGGATTTGCGGCTGGATAGGTTTACTTCCCCTGTTTATGCTGAGTCTTCCAGTACAGGCGGAACTTCGATG > REL606/1444417‑1444560
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
