Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A74 F1 I1 R1
|
16 |
49.9 |
3507628 |
96.2% |
3374338 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,167,458 |
A→G |
E833G (GAG→GGG) |
rpoC → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,167,458 | 0 | A | G | 92.3%
| 183.9
/ 4.0
| 53 | E833G (GAG→GGG) | rpoC | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (23/25); total (26/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATC > REL606/4167387‑4167528
|
tACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCg < 2:589014/76‑1 (MQ=255)
aCCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGc > 2:69418/1‑76 (MQ=255)
aGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGAGGTGACGTTAAAGGGCCGCTgcgc > 2:776079/1‑76 (MQ=255)
cGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGAt > 1:929533/1‑76 (MQ=255)
aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcg > 2:105838/1‑76 (MQ=255)
aTTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGCGCCGCTGCGCGATcg > 1:344487/1‑76 (MQ=255)
ttGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcgc > 1:1160493/1‑76 (MQ=255)
tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcgcg > 2:1463174/1‑76 (MQ=255)
tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATcgcg < 1:1653000/76‑1 (MQ=255)
tgtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcgcg > 2:364471/1‑76 (MQ=255)
gtgGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGt < 1:736428/76‑1 (MQ=255)
tACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGGGCGATCGCGTACTg > 2:641352/1‑76 (MQ=255)
cccATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTggg < 1:877024/76‑1 (MQ=255)
aTGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCg < 1:1389881/76‑1 (MQ=255)
aTGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCg > 2:131230/1‑76 (MQ=255)
tGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgt < 2:1466208/76‑1 (MQ=255)
tGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgt < 2:1274355/76‑1 (MQ=255)
gAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtg > 1:1050664/1‑76 (MQ=255)
aaGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtgt > 2:592092/1‑76 (MQ=255)
aaGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCgtgt < 2:787210/76‑1 (MQ=255)
aGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTa > 1:501154/1‑76 (MQ=255)
aGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTa < 2:1275765/76‑1 (MQ=255)
gTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTTCTGGGTCGTGTAAc > 1:206783/1‑76 (MQ=255)
gTATCAGGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAAc < 1:1139293/76‑1 (MQ=255)
aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg < 2:409068/76‑1 (MQ=255)
aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActg > 1:119993/1‑76 (MQ=255)
atgatgACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgctg < 2:1487242/76‑1 (MQ=255)
tgatgaCTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGa < 2:956077/76‑1 (MQ=255)
atgaCTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAg < 1:1307107/76‑1 (MQ=255)
atgaCTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAg > 1:1683458/1‑76 (MQ=255)
gaCTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGAc > 2:1234928/1‑76 (MQ=255)
cTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGt > 2:269985/1‑76 (MQ=255)
cTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGt > 2:1379393/1‑76 (MQ=255)
ggTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg < 1:1157497/76‑1 (MQ=255)
ggTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg > 1:1692862/1‑76 (MQ=255)
ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa > 1:1170908/1‑76 (MQ=255)
ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa < 1:186721/76‑1 (MQ=255)
ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa < 1:8163/76‑1 (MQ=255)
ttATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGGGTAACTGCTGAAGACGTTCTGaa > 2:1035060/1‑76 (MQ=255)
tATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAg < 2:1207403/76‑1 (MQ=255)
aTCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGc > 1:905423/1‑76 (MQ=255)
tCGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGcc < 2:917221/76‑1 (MQ=255)
cGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCNCGTACTGGGTCGTGTAACTGCNGAANACGTTCTGAAGCCg > 2:1738421/1‑76 (MQ=255)
cGAGGGTGGTGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCg > 1:1197352/1‑76 (MQ=255)
ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:1352193/76‑1 (MQ=255)
ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:1092535/76‑1 (MQ=255)
ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 2:190692/76‑1 (MQ=255)
ggtggtGACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTa < 1:1105902/76‑1 (MQ=255)
tggtgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACATTCTGAAGCCGGGAAcc > 1:1212790/1‑75 (MQ=255)
tgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgct > 1:841468/1‑76 (MQ=255)
tgACGTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgct > 1:1457184/1‑76 (MQ=255)
gACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTActgctg < 2:1692862/76‑1 (MQ=255)
gTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGata < 1:888097/76‑1 (MQ=255)
gTTAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACGGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGata < 1:888112/76‑1 (MQ=255)
ttAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGatat < 1:57532/76‑1 (MQ=255)
ttAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGatat < 1:1539790/76‑1 (MQ=255)
tAAAGGGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATc > 1:235802/1‑76 (MQ=255)
|
TACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATC > REL606/4167387‑4167528
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
