Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A73 F1 I1 R1
|
21 |
62.0 |
3993596 |
96.1% |
3837845 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,329,919 |
C→T |
A167V (GCG→GTG) |
topA → |
DNA topoisomerase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,329,919 | 0 | C | T | 100.0%
| 132.6
/ NA
| 35 | A167V (GCG→GTG) | topA | DNA topoisomerase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (18/17); total (18/17) |
ACTAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGTCT > REL606/1329846‑1329991
|
aCTAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGgtgc > 1:1216022/1‑76 (MQ=255)
aaaaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCg < 2:673415/76‑1 (MQ=255)
aaaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGc > 1:1876610/1‑76 (MQ=255)
aaCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCt > 2:1186437/1‑76 (MQ=255)
aCGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCtt < 2:147531/76‑1 (MQ=255)
cgcgATCCGCCAGGCGTTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCttt < 2:393956/76‑1 (MQ=255)
cgcgATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCttt < 2:1868118/76‑1 (MQ=255)
aTCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATgg > 2:403947/1‑76 (MQ=255)
cAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACcgcg < 1:1041404/76‑1 (MQ=255)
ggCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtg < 2:1569343/76‑1 (MQ=255)
ggCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCgtg > 1:1260799/1‑76 (MQ=255)
tttAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGtggtgg < 1:1218332/76‑1 (MQ=255)
tcaaCAAACCGCGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATTCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTggg < 2:1967893/74‑1 (MQ=255)
aaCAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGt < 2:1926985/76‑1 (MQ=255)
aCAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGCGGGGta > 2:196128/1‑76 (MQ=255)
aaaCCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGtata > 2:1482610/1‑76 (MQ=255)
cGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGt < 1:1764439/76‑1 (MQ=255)
tGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcg < 2:1246002/76‑1 (MQ=255)
gAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcgc > 2:125902/1‑76 (MQ=255)
cTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTcgccgc > 1:1334467/1‑76 (MQ=255)
tGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgct < 1:492986/76‑1 (MQ=255)
aaTATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgc > 2:1332953/1‑76 (MQ=255)
atatTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCgctgct < 2:1171466/76‑1 (MQ=255)
tGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATgg > 2:666787/1‑76 (MQ=255)
tGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATgg > 2:781420/1‑76 (MQ=255)
aTCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaa > 1:1633090/1‑76 (MQ=255)
tCGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaa < 2:606965/76‑1 (MQ=255)
cGTGTTAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGaaaa < 1:38819/76‑1 (MQ=255)
ttAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGAt > 1:544320/1‑76 (MQ=255)
ttAATGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGAt < 1:108833/76‑1 (MQ=255)
tGCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCt < 2:1264429/76‑1 (MQ=255)
gCCCAGCAGGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTc > 1:175059/1‑76 (MQ=255)
agcagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTgg > 1:1264983/1‑76 (MQ=255)
gcagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgt > 1:729410/1‑76 (MQ=255)
cagGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGTTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtc > 1:889539/1‑76 (MQ=255)
agGTGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGCGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGgtct > 2:1643575/1‑76 (MQ=255)
|
ACTAAAAACGCGATCCGCCAGGCATTTAACAAACCGGGTGAGCTGAATATTGATCGTGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGTCT > REL606/1329846‑1329991
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
