Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A77 F1 I1 R1
|
21 |
53.0 |
3608474 |
95.6% |
3449701 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,633,651 |
T→C |
E219G (GAA→GGA) |
dppD ← |
dipeptide transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,633,651 | 0 | T | C | 97.7%
| 166.3
/ ‑3.6
| 44 | E219G (GAA→GGA) | dppD | dipeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/22); total (21/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 |
GGAAGATGGCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTTCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTCCAGCAGT > REL606/3633580‑3633722
|
ggAAGATGGCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGc > 2:1602211/1‑76 (MQ=255)
tGGCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAg < 1:1204842/76‑1 (MQ=255)
gCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAgcg < 1:1009940/76‑1 (MQ=255)
gCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAgcg > 1:1119272/1‑76 (MQ=255)
cGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAgcgc < 2:699018/76‑1 (MQ=255)
gTGCGCATCCCCGGTTTCCCCCCCCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCCCCCGCCACCAGCGcc < 2:727746/76‑1 (MQ=255)
gTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCGGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGcc < 2:1439447/76‑1 (MQ=255)
cACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATg < 1:911757/76‑1 (MQ=255)
ggTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTa > 1:1019642/1‑76 (MQ=255)
tttCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAAt > 1:1322556/1‑76 (MQ=255)
tttCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAAt < 1:191072/76‑1 (MQ=255)
ttCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAAtt < 2:1355944/76‑1 (MQ=255)
ccaccaCCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTTCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTaa < 2:16916/76‑1 (MQ=255)
caccacCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAac > 2:660837/1‑76 (MQ=255)
caccacCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAac < 1:1099040/76‑1 (MQ=255)
caccacCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATCAac > 1:197024/1‑76 (MQ=255)
cccaccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAaca < 1:789468/75‑1 (MQ=255)
accaccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAaca < 1:450980/76‑1 (MQ=255)
ccccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACAcc < 1:827412/74‑1 (MQ=255)
caccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACAcc > 1:402669/1‑76 (MQ=255)
accTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCa < 1:1378241/76‑1 (MQ=255)
ccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTACTTAACACCAg > 2:1618711/1‑76 (MQ=255)
ccTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAg > 1:1574322/1‑76 (MQ=255)
ccTGGCCCTCATACAGCTTGACGGTTTTATGTGCCGCGCCCGCCGCCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAg < 2:405347/76‑1 (MQ=255)
cTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAgc > 1:698325/1‑76 (MQ=255)
cTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAgc > 1:1626796/1‑76 (MQ=255)
ggCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAgcgc > 2:948792/1‑76 (MQ=255)
ggCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAgcgc > 1:259215/1‑76 (MQ=255)
ccTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCa < 2:1645975/76‑1 (MQ=255)
gCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGt < 1:60592/76‑1 (MQ=255)
gCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGCAATTAACACCAGCGCCATGt > 2:1363652/1‑76 (MQ=255)
tACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTtct > 1:1307287/1‑76 (MQ=255)
cATCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGGAATTAACACCAGCGCCATGTTctct > 2:1593693/1‑76 (MQ=255)
aTCACGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCtt < 1:195004/76‑1 (MQ=255)
tcgcGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCttt < 2:13228/73‑1 (MQ=255)
aCGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTct < 2:1591250/76‑1 (MQ=255)
aCGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTct < 2:1736315/76‑1 (MQ=255)
cGATGATTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTctg < 2:258116/76‑1 (MQ=255)
gatTTTATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGt < 2:961889/76‑1 (MQ=255)
ttATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCt > 1:1164574/1‑76 (MQ=255)
tATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTc < 2:1715955/76‑1 (MQ=255)
tATGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTc > 2:1522330/1‑76 (MQ=255)
aTGTGCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTcc > 1:1512925/1‑76 (MQ=255)
gtgCCGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTCcag > 1:1134840/1‑76 (MQ=255)
cGCTCCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTCCAGCagt > 2:644590/1‑76 (MQ=255)
|
GGAAGATGGCGTGCGCATCACCGGTTTCCACCACCTGGCCTGCATACATCACGATGATTTTATGTGCCGCTTCCGCCACCAGCGCCAGGTCATGGGTAATTAACACCAGCGCCATGTTCTCTTTCTGCTGTAGCTCCAGCAGT > REL606/3633580‑3633722
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
