Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F418 I1 R1
|
19 |
54.4 |
1474142 |
94.2% |
1388641 |
177.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,510,524 |
C→A |
intergenic (+391/+166) |
yjhV → / ← fecE |
pseudogene, KpLE2 phage‑like element/ferric citrate ABC transporter ATPase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,510,524 | 0 | C | A | 100.0%
| 151.5
/ NA
| 39 | intergenic (+391/+166) | yjhV/fecE | pseudogene, KpLE2 phage‑like element/ferric citrate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (19/20); total (19/20) |
ATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCTCGGGGTGTATTTCCGCTTCCACG > NC_000913/4510298‑4510750
|
aTTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGt < 1:555334/239‑1 (MQ=255)
tGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTa < 1:725525/224‑1 (MQ=255)
tGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTa > 2:725525/1‑224 (MQ=255)
aatttttttGATCTCCCCCTTGAATTCTAAACTTAGTCATGTCCCGTTTTTGGTTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCt < 2:667664/211‑1 (MQ=255)
tttttGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTgg < 2:290708/239‑1 (MQ=255)
aTCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCg > 1:667664/1‑214 (MQ=255)
tAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAg > 1:287486/1‑239 (MQ=255)
gTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGcc > 2:373959/1‑238 (MQ=255)
gTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGcc > 1:683075/1‑233 (MQ=255)
aCGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGGTCAGCCCCAGTCTGa > 2:680052/1‑239 (MQ=255)
cGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGaa < 2:358595/239‑1 (MQ=255)
tttGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAg > 1:15471/1‑238 (MQ=255)
tCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATgg > 2:305427/1‑149 (MQ=255)
tCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATgg < 1:305427/149‑1 (MQ=255)
tataCAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTAc > 1:408194/1‑238 (MQ=255)
tataCAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACg < 1:373959/239‑1 (MQ=255)
taCAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGc < 1:576150/239‑1 (MQ=255)
aaaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAGGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCtgtg > 1:517436/1‑239 (MQ=255)
aaaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAGGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCtgtg < 2:517436/239‑1 (MQ=255)
aaaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCaga > 2:324078/1‑152 (MQ=255)
aaaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCaga < 1:324078/152‑1 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagca > 1:569061/1‑116 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAaagca < 2:569061/116‑1 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTttcattc > 2:643062/1‑210 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTttcattc < 1:643062/210‑1 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGc < 2:590709/233‑1 (MQ=255)
aaTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGc > 1:590709/1‑233 (MQ=255)
aTGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGAGGGTTGGGTCGTACGGCCTGTGCa > 2:126204/1‑239 (MQ=255)
tCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTGGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCtgtg < 2:408194/234‑1 (MQ=255)
agtttCAAAGTTGATTGCCGTGATCACGGCTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAg < 2:683075/236‑1 (MQ=255)
agTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAg > 1:566875/1‑238 (MQ=255)
attgCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCgg > 1:719090/1‑235 (MQ=255)
attgCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCgg > 1:25042/1‑235 (MQ=255)
cGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCt < 2:719090/239‑1 (MQ=255)
cGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCt < 1:250556/239‑1 (MQ=255)
tttGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCTCg < 2:25042/234‑1 (MQ=255)
aaGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGc > 1:20886/1‑120 (MQ=255)
aaGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGc < 2:20886/120‑1 (MQ=255)
aaGCCTGTACAGATCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCTCGGGGTGTATTTCCGCTTCCACg < 2:566875/239‑1 (MQ=255)
|
ATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTTTGCGTTGATTATGAACCTGTCAGCCTAAAGCAAGCGGATGGACGATGAGTATTGGTAATCTTTCAGAGTCCGGAAAAGTTCAGCCCCAGTCTGAACAGGCTTGCTGGCGCCAGTCCAGTTTCATTCAGTCGTGGTTTGGTTCTTACGGCCTGTGCAATCTACCTCATTAGGCACATCGGCCTGCCAGATACCGGCTCGGGGTGTATTTCCGCTTCCACG > NC_000913/4510298‑4510750
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A