Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F70 I1 R1
|
16 |
113.5 |
2638332 |
93.5% |
2466840 |
136.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,372,946 |
G→T |
A277D (GCT→GAT) |
pbuG ← |
Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,372,946 | 0 | G | T | 99.1%
| 383.0
/ NA
| 111 | A277D (GCT→GAT) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (53/57); minor base C (1/0); total (54/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CACCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTAGCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATA > USA300TCH1516_ALE/2372809‑2373083
|
cacCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCaa > 3:30633/1‑141 (MQ=255)
cacCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCaa > 2:134778/1‑141 (MQ=255)
tGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGc < 1:497361/141‑1 (MQ=255)
aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta > 2:685292/1‑141 (MQ=255)
aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta > 2:685287/1‑141 (MQ=255)
aaGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGcta < 4:220746/141‑1 (MQ=255)
gTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGctact > 1:560875/1‑141 (MQ=255)
ttGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGctacta > 1:188824/1‑141 (MQ=255)
aTTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATg > 1:358989/1‑141 (MQ=255)
ttCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTATAGAATGTGAGAAAAGTTCGCTGCCAGCGCTGGGGAATTTATTATCGTTCATAATACCTGCTTGAGTACCAACAGCGACTAATG‑t > 1:915780/1‑141 (MQ=255)
ttCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑t > 3:246163/1‑141 (MQ=255)
tataAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAg > 2:593211/1‑141 (MQ=255)
ataAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 1:128335/141‑1 (MQ=255)
ataAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 4:179209/141‑1 (MQ=255)
ataAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 1:842810/141‑1 (MQ=255)
ataAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 1:561407/141‑1 (MQ=255)
gaagTCGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTa < 4:322921/141‑1 (MQ=255)
gttgttGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCa > 2:762294/1‑141 (MQ=255)
tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa > 3:79972/1‑141 (MQ=255)
tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa > 1:205445/1‑141 (MQ=255)
tgttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCaaa < 4:395474/141‑1 (MQ=255)
tttgtAGTTGGTCCAAAAACTGAGCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg < 4:33879/140‑1 (MQ=255)
gttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg < 3:182739/141‑1 (MQ=255)
gttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAg > 3:367732/1‑141 (MQ=255)
ttgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGa < 4:54885/141‑1 (MQ=255)
tgtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGaa > 1:341094/1‑141 (MQ=255)
gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc > 1:85192/1‑128 (MQ=255)
gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGc < 2:85192/128‑1 (MQ=255)
gtAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGaaa < 2:189032/141‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAAt < 3:94896/141‑1 (MQ=255)
ttgttCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCaa < 1:505696/141‑1 (MQ=255)
gtatGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGaa > 2:192377/4‑141 (MQ=255)
aCTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAAc > 1:520015/1‑141 (MQ=255)
cTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCATCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACg < 1:420637/141‑1 (MQ=255)
cTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACg > 1:821537/1‑141 (MQ=255)
tGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGt < 4:30633/141‑1 (MQ=255)
gATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTAGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGtt > 4:30830/1‑141 (MQ=255)
tCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTaa > 2:262250/1‑141 (MQ=255)
tCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTaa > 2:161400/1‑141 (MQ=255)
ccTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTaaa < 2:136385/141‑1 (MQ=255)
tACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAAt < 1:2890/141‑1 (MQ=255)
tACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAAGG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAAt < 2:180406/141‑1 (MQ=255)
aCAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATa > 3:16555/1‑141 (MQ=255)
cAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATaa > 1:916962/1‑141 (MQ=255)
aaTCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAAc < 3:21151/141‑1 (MQ=255)
tCGTAGCTAACGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACaa > 2:562633/1‑141 (MQ=255)
cGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAAt > 1:703572/1‑141 (MQ=255)
gTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAAtt < 3:89781/141‑1 (MQ=255)
tAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGaa < 1:294927/141‑1 (MQ=255)
tAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGaa < 4:200646/141‑1 (MQ=255)
gAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGt < 2:720153/141‑1 (MQ=255)
gAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGt < 4:269237/141‑1 (MQ=255)
gAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACATGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGt > 3:7071/1‑141 (MQ=255)
aaTCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTa < 1:713739/141‑1 (MQ=255)
aTCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTAt > 1:794566/1‑141 (MQ=255)
aTCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTAt < 1:38464/141‑1 (MQ=255)
gagaACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGtt < 3:233951/141‑1 (MQ=255)
agaACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTta > 1:809180/1‑141 (MQ=255)
cAATGCTCTACCAGCTCGTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTtaataa < 2:603282/141‑1 (MQ=255)
tGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTg > 1:356994/1‑141 (MQ=255)
gCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGa > 1:891572/1‑141 (MQ=255)
gCTCTACCAGCTCTGGGTAATTTTTAATTTTCAAAAATACCGGCTTGCGCATCACCA‑CTACTTATGTTACCACCGGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATACCAATGAAGAACTGTACCGTAAAAAATTGa > 2:596509/1‑141 (MQ=255)
ctctACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGAc < 2:358989/141‑1 (MQ=255)
tctACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACt < 2:560875/141‑1 (MQ=255)
ctACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACtt < 4:246163/141‑1 (MQ=255)
ccAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTggg > 1:249563/1‑141 (MQ=255)
cAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGt < 1:673327/141‑1 (MQ=255)
aGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTc > 1:338161/1‑141 (MQ=255)
ctctTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCtt < 1:384516/141‑1 (MQ=255)
tctTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCttt < 2:191471/141‑1 (MQ=255)
tGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTaaa > 2:398091/1‑141 (MQ=255)
ggTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAAc < 3:117366/141‑1 (MQ=255)
tAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGc > 3:217457/1‑141 (MQ=255)
tAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGc < 2:156224/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCt < 1:285989/141‑1 (MQ=255)
aaTTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCt < 2:511833/141‑1 (MQ=255)
tttATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTc > 1:211889/1‑141 (MQ=255)
ttCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATgcagca < 2:891572/141‑1 (MQ=255)
tCATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCAc > 2:904578/1‑141 (MQ=255)
cATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCAcc > 1:753844/1‑141 (MQ=255)
cATAATACCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCAcc > 2:700589/1‑141 (MQ=255)
ataataCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCg > 3:118194/1‑141 (MQ=255)
taataCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGa > 4:296328/1‑141 (MQ=255)
taataCCTGCTTGAGAATATCCATCTACTTATG‑TATCTGCTGTATCAATGAAACCAATATATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGCACTGTATCGTTAATAATTGACTTGAGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGa < 1:100201/141‑1 (MQ=255)
taCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACg > 2:883499/1‑141 (MQ=255)
aCCTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGt > 4:246302/1‑141 (MQ=255)
ccTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGtt > 2:809541/1‑141 (MQ=255)
cTGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTT‑GGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTgg > 2:290595/1‑141 (MQ=255)
tGCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTgg > 4:73608/1‑141 (MQ=255)
gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGt > 2:481327/1‑141 (MQ=255)
gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGt < 1:158954/141‑1 (MQ=255)
gCTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTGCTAATGCAGCACCGAACGTTGGt > 2:37542/1‑141 (MQ=255)
cTTGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGtt < 2:821537/141‑1 (MQ=255)
ttGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAACCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTc < 1:398200/141‑1 (MQ=255)
tGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCa > 2:193484/1‑141 (MQ=255)
tGAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCa < 2:500371/141‑1 (MQ=255)
gAGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCaa < 2:481784/141‑1 (MQ=255)
aGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAAt > 3:284859/1‑141 (MQ=255)
aGTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAAt > 1:612283/1‑141 (MQ=255)
gTATCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATa < 1:206758/141‑1 (MQ=255)
|
CACCTGAAGTTGATTCGATATAAGAAGTTGTTGTAGTTGTTCCAAAAACTGATCCTACAATCGTAGCTAAAGAATCTGAGAACAATGCTCTACCAGCTCTTGGTAATTTATTATCTTTCATAATACCTGCTTGAGTAGCAACAGCTACTAATG‑TACCAGCTGTATCAAAGAAATCAATAAATAAGAACGTTAAAATAACAATTAAGAACTGTATCGTTAATAATTGACTTGGGTCTTTAAACGCTTCAAATGCAGCACCGAACGTTGGTTCAATA > USA300TCH1516_ALE/2372809‑2373083
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
