Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F70 I0 R1
|
32 |
71.1 |
1611198 |
94.9% |
1529026 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,018,276 |
G→A |
21.6% |
Q215* (CAA→TAA) |
mgt ← |
Monofunctional glycosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,018,276 | 0 | G | A | 21.6%
| 109.6
/ 23.4
| 59 | Q215* (CAA→TAA) | mgt | Monofunctional glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/22); new base A (9/4); total (33/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATATTGTGTTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCTTAAAATTTCG > USA300TCH1516_ALE/2018139‑2018409
|
atatTGTGTTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTtata > 1:657394/1‑140 (MQ=255)
gtgtTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGGTTACACGGTACGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACt < 1:794178/140‑1 (MQ=255)
gtgtTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACt > 1:86316/1‑140 (MQ=255)
gtTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGt < 1:322186/140‑1 (MQ=255)
ttCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATATGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTa < 1:468285/140‑1 (MQ=255)
tGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTga > 2:41975/1‑140 (MQ=255)
atatAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGATAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTAtgttaaa > 2:802270/1‑136 (MQ=255)
tattatTTGGTTGCTTCATTTTTTTTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAGTATTCTCTTACATATTCTTGATATGATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGAc < 2:692502/140‑1 (MQ=255)
ttttGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACAttgt > 1:747709/1‑140 (MQ=255)
ttttGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACAttgt > 1:343816/1‑140 (MQ=255)
ttgttgCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACAttgttg > 1:392578/1‑140 (MQ=255)
ttgttgCTTCATTTTTTCTAAGTCCGTGCTTGCTAGTTGTGTATGGTTCGCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACAttgttg > 1:154068/1‑140 (MQ=255)
tgCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTACAACTGTTATGTGATACATTGTTGTACt > 2:553934/1‑140 (MQ=255)
tgCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAACACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACt > 2:143209/1‑140 (MQ=255)
tgCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACt > 2:503996/1‑140 (MQ=255)
cTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTAt < 1:272662/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTTTTCTAAGTTCGAGCTGACACGATGCGTAAAACTCTCTGACACATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTAtt < 1:120795/140‑1 (MQ=255)
aaGTTCGTGCTTACAGGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATGATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACGTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATGGTTGTACTATTTTTATTCACGgt < 2:328356/140‑1 (MQ=255)
aGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGgtt > 1:724418/1‑140 (MQ=255)
ttGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTcc < 2:429610/139‑1 (MQ=255)
tGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTGACATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTCGGACTATGTTTATTGACGGTTGTTCCa > 1:111885/1‑140 (MQ=255)
tGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCa < 1:41975/140‑1 (MQ=255)
gCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAACACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCaa > 2:158464/1‑140 (MQ=255)
gTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTtgc < 1:564430/140‑1 (MQ=255)
gTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTtgc < 1:79648/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTgcga > 2:217213/1‑139 (MQ=255)
tctcTGACATATTATTGTTATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGCAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGccc < 2:332434/140‑1 (MQ=255)
ctctGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCt < 1:27187/140‑1 (MQ=255)
tctGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTCTTTTTATTCACATCTGTTCCGAAGTAACCGATTGCTCAGCCCTc > 2:687417/1‑140 (MQ=255)
cATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCg > 2:657139/1‑140 (MQ=255)
gtgttagtGAGATGATATAGGCTGGGTGCATTGACGTTACTGGCTAGAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACAGTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGt < 2:109329/137‑1 (MQ=255)
tattGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTatat < 1:775241/140‑1 (MQ=255)
attGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTCTGGTATGTCGTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATAtt < 2:778266/140‑1 (MQ=255)
ttGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTg > 2:636493/1‑140 (MQ=255)
tGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGa > 1:324348/1‑140 (MQ=255)
ttatATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAACACTGTTCTGTGCGACATTGGTGTACTATTTTTATTCCCGGCTCTTCCAACGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCTTCTATTAACTATc > 2:469347/1‑140 (MQ=255)
tatataCGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATcc > 2:694961/1‑140 (MQ=255)
tatataCGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATcc > 2:37590/1‑140 (MQ=255)
atgcaCGCTAGGTGCCTTGACTTGACCAGCTAGAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGGGAGACATCGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCGCTCAAGCGTATATTGATTATccc < 2:611286/136‑1 (MQ=255)
cGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTGCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCNTATATTGATTATCCCCGAAg > 1:730135/1‑140 (MQ=255)
tAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTaa < 1:91255/140‑1 (MQ=255)
ggTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCTTATACTGATTATCCCCAAAGTAAat > 2:69392/1‑140 (MQ=255)
ggTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAat > 2:99996/1‑140 (MQ=255)
gTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTCATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGACCTCAAGCGTCTATTGATTATCCCCCAAGTAAata > 2:337032/1‑140 (MQ=255)
cATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAAtatta > 1:199821/1‑140 (MQ=255)
aTTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAAtattat > 2:346090/1‑140 (MQ=255)
aTTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAAtattat > 2:646713/1‑140 (MQ=255)
aTTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCACCAAAGTAAAtattat > 2:256420/1‑140 (MQ=255)
ttGCCTTTACTACCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATAGCTACACGATTTCTATTCCCGGTGGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATattatt < 1:30334/140‑1 (MQ=255)
ttGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATattatt < 1:636493/140‑1 (MQ=255)
ttACTAGCTAAAACAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATGCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTtaacta < 1:139792/140‑1 (MQ=255)
cTAGCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGGATATTGATTATCCCCAAAGTAAATGTTGGTtaaataaga > 1:2745/1‑138 (MQ=255)
gCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCt < 1:529966/140‑1 (MQ=255)
gCTAAAATAGCGCTTTATAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGCTTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCt < 2:657394/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTATATAAAAGCTTa > 1:770782/1‑140 (MQ=255)
aaTAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAACAGCTTaaaa > 2:614008/1‑140 (MQ=255)
aTAGCGTTTTGTAATACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCTTAAAAt < 2:86316/140‑1 (MQ=255)
taccgcCTTGTATAACGCTTATGTGAGACATTGTTGTCCTATTTTTATTCACGGTTTTTCCACAGTACTGGTCTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAATGTAACTATTATTTAAATAAAAGCTTAAAAtt < 1:82940/137‑1 (MQ=255)
gcgcTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCTTAAAATTTc > 2:38600/1‑140 (MQ=255)
cgcTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACCATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCTTAAAATTTCg < 1:231918/140‑1 (MQ=255)
|
ATATTGTGTTTCATTGATATAATTTTGTTGCTTCATTTTTTCTAAGTTCGTGCTTACACGTTGCGTAAAATTCTCTGACATATTATTGATATTATATACGCTAGGTGCATTGACTTTACTAGCTAAAATAGCGCTTTGTAAAACTGTTATGTGAGACATTGTTGTACTATTTTTATTCACGGTTGTTCCAAAGTAATGGTTTGCTGCGCCCTCAAGCGTATATTGATTATCCCCAAAGTAAATATTATTTAAATAAAAGCTTAAAATTTCG > USA300TCH1516_ALE/2018139‑2018409
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
