Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I0 R1
|
34 |
41.4 |
875437 |
98.7% |
864056 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,405,489 |
G→T |
100% |
intergenic (‑136/‑124) |
USA300HOU_RS12375 ← / → ureA |
Urea transporter/Urease subunit gamma |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,405,489 | 0 | G | T | 93.0%
| 161.6
/ 4.3
| 60 | intergenic (‑136/‑124) | USA300HOU_RS12375/ureA | Urea transporter/Urease subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base T (29/25); total (34/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405355‑2405625
|
tCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATTTCTGATATg > 1:532957/1‑141 (MQ=255)
cTTTCAACTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGc < 1:712270/141‑1 (MQ=255)
cACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTaaa < 1:775146/141‑1 (MQ=255)
ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAatat > 1:784492/1‑141 (MQ=255)
ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAatat > 1:235571/1‑141 (MQ=255)
gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTc > 1:322875/1‑141 (MQ=255)
aTTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAACGTACTAGCAAAAACTATTTGGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAAtt > 1:204864/1‑141 (MQ=255)
attgatatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACAtt > 1:425436/5‑141 (MQ=255)
ttAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTg > 1:710777/1‑141 (MQ=255)
tAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGa > 1:27991/1‑141 (MQ=255)
atatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAAc > 1:551184/1‑141 (MQ=255)
tataCTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCAGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACt > 1:617041/1‑141 (MQ=255)
tactacTATTCTATGATAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGCTTAGATTGGTTGCTTCAATATCTGCTATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATCGTACttt > 1:433733/1‑141 (MQ=255)
tactacTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACtct > 1:435056/1‑139 (MQ=255)
ttCTATGCAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa > 1:547305/1‑141 (MQ=255)
ttCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa < 1:335725/141‑1 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACt > 1:314289/1‑141 (MQ=255)
cTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACt > 1:151372/1‑141 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACttt > 1:260030/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 1:8656/1‑141 (MQ=255)
aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAAAATATTCCACTAGGTATTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGAATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 1:417724/1‑141 (MQ=255)
aaaGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGAGTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTAGCCATTGAACTTTGTATATTACTTGtttt > 1:604665/1‑140 (MQ=255)
gTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACAAGTTGACATTTGTATATTATTTGTtcatca > 1:195739/1‑141 (MQ=255)
ttATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATATTTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcac < 1:381710/141‑1 (MQ=255)
tataTTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATcaca > 1:646316/1‑141 (MQ=255)
ttatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaa < 1:496946/140‑1 (MQ=255)
atatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaa < 1:67804/141‑1 (MQ=255)
tatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaac > 1:151041/1‑141 (MQ=255)
atTAATAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTTTTTGTTTTCGATTAGTTTGTTTGCTTCAATATCTGACATGCTAAATATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:580370/141‑1 (MQ=255)
atTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:507430/141‑1 (MQ=255)
tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 1:463444/141‑1 (MQ=255)
tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 1:710332/141‑1 (MQ=255)
ttttACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGGTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAAt > 1:771600/1‑141 (MQ=255)
tttACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTGTGTATATTACTTGTTTATCACAACATTTAGG‑TTAataataagtt > 1:715167/1‑134 (MQ=255)
tAAATATATTCCACTATTTGGTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTTTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTTATATAAATTTTGTaa > 1:544854/1‑141 (MQ=255)
aaaTATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTaat > 1:78054/1‑140 (MQ=255)
atatatTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACACCAATTAGGATTAATATAAATTTAGTaaagt > 1:792652/1‑139 (MQ=255)
atatatTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAAtt < 1:508654/141‑1 (MQ=255)
ttCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTACATCCTAGCAATTGGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATc > 1:373561/1‑141 (MQ=255)
ttCCACTATTTGTTTTCGATAAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATc > 1:526914/1‑141 (MQ=255)
tCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCt > 1:595057/1‑141 (MQ=255)
cACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTaa > 1:868400/1‑141 (MQ=255)
tATTGGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATAACTGATATGCTAAGAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAatat < 1:47136/141‑1 (MQ=255)
ttttGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATg < 1:537437/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGaa < 1:350676/141‑1 (MQ=255)
ttttttCGACTAGGTTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTGTATCACATCAATTTGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGaaa < 1:246370/139‑1 (MQ=255)
tttttCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 1:11745/140‑1 (MQ=255)
gTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAt < 1:8734/141‑1 (MQ=255)
ttttCGATTAGCTTTTTTGCTGCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTATCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAtt < 1:766995/141‑1 (MQ=255)
ttttCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAAtt < 1:363672/141‑1 (MQ=255)
ttAGATTGTTTGCTTCAATATCAGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAACATGAAATTGGGGGtt < 1:37681/141‑1 (MQ=255)
gATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTa < 1:317765/141‑1 (MQ=255)
aaTTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTa < 1:317886/140‑1 (MQ=255)
tGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAACTTGGGGGTTTTAAtt < 1:875433/141‑1 (MQ=255)
gTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAGATTGTATCTAATATGTAATTGGGGGTTTTAAttt > 1:231389/1‑141 (MQ=255)
gTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAAttt > 1:148537/1‑141 (MQ=255)
cTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCAtt < 1:354327/141‑1 (MQ=255)
aaTATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTac < 1:801227/141‑1 (MQ=255)
aaTATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTac < 1:740247/141‑1 (MQ=255)
tatCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATAGGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTacac > 1:96584/1‑141 (MQ=255)
|
TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405355‑2405625
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
