Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F110 I1 R1
|
27 |
18.3 |
392680 |
99.5% |
390716 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,909,252 |
(T)5→4 |
coding (59/303 nt) |
USA300HOU_RS09460 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,909,248 | 0 | T | . | 95.2%
| 90.0
/ ‑1.4
| 21 | coding (55/303 nt) | USA300HOU_RS09460 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (8/12); minor base A (0/1); total (8/13) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAT > USA300TCH1516_ALE/1909132‑1909375
|
aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTATTACAAATAACTtttt > 1:216426/1‑141 (MQ=255)
aTTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAAAGTTTTTCt > 1:132300/1‑141 (MQ=255)
ttttATGATTGTTTATTATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt < 1:120485/141‑1 (MQ=255)
ttttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt < 1:187142/141‑1 (MQ=255)
aTGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGAc < 1:19629/141‑1 (MQ=255)
aTGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTc < 1:305421/141‑1 (MQ=255)
tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCt < 1:163386/141‑1 (MQ=255)
tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGACTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATATCGTTTTCCTAATTGGACTTTTTAAtttt > 1:198925/1‑139 (MQ=255)
aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa < 1:63024/141‑1 (MQ=255)
aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa < 1:120324/141‑1 (MQ=255)
actGATAATCATCCAGGCGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTCCTTATCTAGCTTAATGCTTATCTTAAG‑ATTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt < 1:391226/139‑1 (MQ=255)
aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt < 1:267391/141‑1 (MQ=255)
tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCa > 1:234214/1‑141 (MQ=255)
tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCa > 1:42515/1‑141 (MQ=255)
ctcGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGt < 1:21127/141‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtttt > 1:50465/1‑141 (MQ=255)
aaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt < 1:304531/141‑1 (MQ=255)
tACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCta < 1:185354/141‑1 (MQ=255)
cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtata > 1:41550/1‑141 (MQ=255)
cTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGa < 1:185760/141‑1 (MQ=255)
tGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAt > 1:205860/1‑141 (MQ=255)
|
ACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAT > USA300TCH1516_ALE/1909132‑1909375
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
