Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F110 I1 R1
|
27 |
18.3 |
392680 |
99.5% |
390716 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,816,469 |
G→C |
Y620* (TAC→TAG) |
sraP ← |
Serine‑rich adhesin for platelets |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,816,469 | 0 | G | C | 100.0%
| 82.6
/ NA
| 22 | Y620* (TAC→TAG) | sraP | Serine‑rich adhesin for platelets |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (10/12); total (10/12) |
GGTGCTGTCGTATCCACAACATTTATTGTAAAAGTTGTCGTCGATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCGTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGTTTGATTGCCTACAGTTACAGTTGGTGCT > USA300TCH1516_ALE/2816335‑2816604
|
ggTGCTGTCGTATCCACAACATTTATTGTAAAAGTTGTCGTCGATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACtt < 1:269573/141‑1 (MQ=255)
tttATTGTAAAAGTTGTCGTCGATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTa < 1:314540/141‑1 (MQ=255)
gtcgtcGATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTcaca > 1:295136/1‑141 (MQ=255)
cgtcgATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGt < 1:380046/141‑1 (MQ=255)
cgtcgATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGt < 1:277535/141‑1 (MQ=255)
cgtcgATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGt > 1:281749/1‑141 (MQ=255)
gtcgATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTc < 1:165146/141‑1 (MQ=255)
cgATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTccc < 1:108925/141‑1 (MQ=255)
gATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCa > 1:239273/1‑141 (MQ=255)
ttGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGt > 1:286728/1‑141 (MQ=255)
cacaACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTcaatac < 1:192184/141‑1 (MQ=255)
cacaACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTcaatac < 1:221277/141‑1 (MQ=255)
aCTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTcaatacaata > 1:390173/1‑141 (MQ=255)
aCTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTcaatacaata > 1:2979/1‑141 (MQ=255)
cTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCa < 1:117481/141‑1 (MQ=255)
tGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCAt > 1:140931/1‑141 (MQ=255)
tGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCAt > 1:140930/1‑141 (MQ=255)
tgattgaCCACTTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTCCCTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGt < 1:293929/141‑1 (MQ=255)
ggTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGtt < 1:187247/141‑1 (MQ=255)
ggTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGtt > 1:12245/1‑141 (MQ=255)
gTTGCACTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGTTTGATTGCCTacagttacagtt < 1:312171/141‑1 (MQ=255)
cTATCCTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGTTTGATTGCCTACAGTTACAGTTGGTGCt > 1:392170/1‑141 (MQ=255)
|
GGTGCTGTCGTATCCACAACATTTATTGTAAAAGTTGTCGTCGATTTGTTATTTGCTTGGTCAGTAGACACAACTGTCACTGTTGATTGACCAATTTTTGTTGGTGTCCCAATGATTGAATTCGTTGCACTATCGTAACTTAATCCGCTTGGTAATCCTGTAACTGTATTTGTCACAGTCCCAGTACCATTATCCGTTGTAGTCAATACAATAGGATTCATTGTTTTACCCACTTCTATGGTTTGATTGCCTACAGTTACAGTTGGTGCT > USA300TCH1516_ALE/2816335‑2816604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
