Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 435,369 +T coding (512/978 nt) thiL → thiamin‑monophosphate kinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb435,3651.T100.0% 222.4 / NA 78I170F (ATT→TTT) thiLthiamin‑monophosphate kinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (78/0);  total (78/0)

CCGGGCTGGCGA‑TTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTAAA  >  W3110S.gb/435354‑435400
            |                                   
ccgGGCTGGCGATTTTTGCGAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1645792/1‑48 (MQ=38)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGtt              >  1:1489723/1‑36 (MQ=37)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTg             >  1:376745/1‑37 (MQ=38)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGc            >  1:447007/1‑38 (MQ=38)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:292624/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:50612/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:498970/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:411648/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:394692/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:332955/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:293234/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:512676/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:275242/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:262074/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:260076/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:236390/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:20072/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:189498/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:184387/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:177055/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:705469/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:977555/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:906972/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:905704/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:891335/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:88838/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:883732/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:824107/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:816363/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:721067/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1036005/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:643458/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:643193/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:628462/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:618643/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:609613/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:580569/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:525037/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:523714/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:521328/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1246482/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1325224/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1322558/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1304603/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1285917/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1285225/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1271113/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1254542/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:125168/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1337435/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1226022/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1181963/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1155412/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1126653/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:112011/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1083605/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1077819/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:100470/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1542229/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1642025/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1623616/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1621963/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:162127/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:160336/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1576398/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1567107/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1553815/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1377693/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1505785/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1494227/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1465270/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1457847/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1445950/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1414278/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1394522/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaaa  >  1:1378436/1‑48 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaa   >  1:828569/1‑47 (MQ=255)
ccgGGCTGGCGATTTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTaa   >  1:1650842/1‑47 (MQ=255)
            |                                   
CCGGGCTGGCGA‑TTTTGCAAAACCGTTTGCAGGTTGCCGATGCTAAA  >  W3110S.gb/435354‑435400

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A