Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 990,302 C→T A159A (GCG→GCA)  pncB ← nicotinate phosphoribosyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb990,3020CT100.0% 546.5 / NA 189A159A (GCG→GCA) pncBnicotinate phosphoribosyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (189/0);  total (189/0)

Only 100 of 189 total aligned reads displayed.

AGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAACGCCGAGAAGTCGACTAATTTGCTTTCCAGCGTG  >  W3110S.gb/990274‑990335
                            |                                 
agggcgACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1500963/4‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAGGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1253926/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAg                          >  1:1088568/1‑38 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTa                   >  1:399153/1‑45 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAAtt                >  1:809124/1‑48 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTcc        >  1:788943/1‑56 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:446049/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:60137/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:599703/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:571566/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:545132/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:536992/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:482466/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:481019/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:472175/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:455212/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:639769/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:439775/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:433567/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:376863/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:375293/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:358781/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:354100/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:336688/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:308552/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:290671/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:287193/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:250273/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:85659/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:9893/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:980369/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:964700/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:935303/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:928461/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:913786/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:905586/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:892171/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:869422/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:867439/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:85914/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:616880/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:851494/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:835588/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:825409/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:803816/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:79496/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:786533/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:744797/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:714302/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:688673/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:227507/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:62577/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1222007/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1390232/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:243036/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1372122/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:135988/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1355969/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1344594/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1318695/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1304195/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1287463/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1270288/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1240185/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:137712/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1197555/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1184980/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1133338/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:113213/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1129119/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1106860/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1100890/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1044256/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1028748/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1020238/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1536976/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:10019/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:21776/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:202885/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1637199/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1624616/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1618580/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1607072/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1587062/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1556873/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:153983/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1390818/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1522765/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1479189/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1477067/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1470542/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1462922/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1436258/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1419664/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1417764/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1407872/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1396301/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgt   >  1:1068458/1‑61 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGG‑GGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGtttt          >  1:1151699/1‑53 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACAGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:126939/1‑62 (MQ=255)
                            |                                 
AGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAACGCCGAGAAGTCGACTAATTTGCTTTCCAGCGTG  >  W3110S.gb/990274‑990335

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A