Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 990,324 C→T S152N (AGC→AAC)  pncB ← nicotinate phosphoribosyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb990,3240CT100.0% 532.7 / NA 183S152N (AGC→AAC) pncBnicotinate phosphoribosyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (183/0);  total (183/0)

Only 100 of 184 total aligned reads displayed.

AGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAACGCCGAGAAGTCGACTAATTTGCTTTCCAGCGTG  >  W3110S.gb/990274‑990335
                                                  |           
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAGGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1253926/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTcc        >  1:788943/1‑56 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:439775/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:620616/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:603359/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:599703/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:571566/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:545132/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:536992/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:518461/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:481044/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:477132/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:471019/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:639769/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:435752/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:428005/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:376863/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:375293/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:358781/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:337370/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:336688/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:308552/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:290008/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:286832/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:246840/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:238644/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:85659/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:9893/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:980369/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:964700/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:935303/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:928461/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:913786/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:905724/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:900634/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:88370/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:867439/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:85914/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:626958/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:853019/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:84242/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:831381/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:810228/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:803816/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:79496/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:786533/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:744797/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:714302/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:688673/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:227507/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1197555/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:10019/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1372122/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:135988/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1355969/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1344594/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1318695/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1304195/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1287463/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1270288/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1240185/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1222007/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1376921/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1187691/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:117996/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1137347/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:113213/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1129119/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1106860/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1102270/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1095553/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1044256/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1028748/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1020238/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1483978/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:21776/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:202885/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1637199/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1624616/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1606933/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1587062/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:155618/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1537064/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1511397/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1387975/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1479189/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1472030/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1463723/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1461710/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1419954/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1419544/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1417764/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1407872/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1396301/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:1390818/1‑62 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgt   >  1:451833/1‑61 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgt   >  1:153569/1‑61 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgt   >  1:1611124/1‑61 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgt   >  1:1068458/1‑61 (MQ=255)
aGCGCGACATATCAAGACAGGCGGTTAATGCCGAGAAGTCGACTAATTTGTTTTCCAGCgtg  >  1:126939/1‑62 (MQ=255)
                                                  |           
AGCGCGACATATCAAGACCGGCGGTTAACGCCGAGAAGTCGACTAATTTGCTTTCCAGCGTG  >  W3110S.gb/990274‑990335

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A