Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,060,292 G→A S205S (TCG→TCA)  torA → trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,060,2920GA88.1% 341.7 / 25.2 160S205S (TCG→TCA) torAtrimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (19/0);  new base A (141/0);  total (160/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01

Only 100 of 162 total aligned reads displayed.

TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294
                                                            |  
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1379103/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1001248/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:181995/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:218317/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:228284/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1306214/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1310592/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:641557/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:970679/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:567444/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1057193/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1044111/1‑62 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:552977/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:677312/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:277778/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:649023/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:69420/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1603077/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:172385/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:173339/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:711310/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:730083/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:748420/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:205557/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:143496/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:29359/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:307493/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:330814/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:608159/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:355898/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:369407/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:379031/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:596577/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:464424/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:563366/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:489315/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:497322/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:82525/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:982696/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:980569/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1038137/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1076150/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1088403/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1092564/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:925213/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1184699/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:862799/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1203489/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1245936/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1260661/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1447215/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1277787/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:762618/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1303045/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1403315/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1332204/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:777944/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1338393/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1343412/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:190625/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:763372/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:661390/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:955635/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:93801/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:640710/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:804592/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:858795/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:830261/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:82436/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:629681/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1434026/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1002783/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1035680/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1116431/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1137014/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1146506/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1155806/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1189437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1216437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1254687/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1263708/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1294606/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1333203/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1352283/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1382795/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:473158/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:145217/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1465430/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1468076/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1478838/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1532513/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1575475/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1578289/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1598743/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1630945/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:214839/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:33486/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:424484/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:432206/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:467125/1‑61 (MQ=255)
                                                            |  
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A