Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,078,591 T→C K238K (AAA→AAG)  putA ← fused DNA‑binding transcriptional regulator, proline dehydrogenase, and pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,078,5910TC100.0% 285.9 / NA 99K238K (AAA→AAG) putAfused DNA‑binding transcriptional regulator, proline dehydrogenase, and pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (99/0);  total (99/0)

ATCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTTTTACCGATAATGCGGTTCA  >  W3110S.gb/1078550‑1078610
                                         |                   
aTCGCCATATCCCCACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:595341/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTTCCGATAATGCGGTTCa  >  1:912447/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCTATAATGCGGTTCa  >  1:370071/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGa              >  1:1393343/1‑49 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATGATGCGGTTCa  >  1:1493449/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTcg  >  1:117579/1‑60 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTc   >  1:466601/1‑60 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTc   >  1:455470/1‑60 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTc   >  1:1599249/1‑60 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTc   >  1:265049/1‑60 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:412319/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:245171/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:239833/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:246536/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:262531/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:439028/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:437194/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:420642/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:414099/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:317409/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:411900/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:407011/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:37024/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:3041/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:333147/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:326933/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:311912/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:816391/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:988300/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:94202/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:929971/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:91719/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:910614/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:904681/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:887998/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:861898/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:824622/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:822645/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:819910/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:499969/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:803550/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:794584/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:792626/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:783442/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:749066/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:717333/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:68637/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:599933/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:55396/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:534149/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1235816/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:101752/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1370221/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1365195/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1362174/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1347965/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1341499/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1305590/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:128999/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1271377/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1265806/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1239402/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1400984/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1219254/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1217098/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1209726/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1208373/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1204218/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1203134/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1193338/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1141344/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1120104/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:110270/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1054279/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1539244/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:238487/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:215263/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:169927/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1650969/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1631485/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1602662/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1559996/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1554118/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1401624/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1504543/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1499309/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1484841/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1483318/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1461242/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1434913/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1433992/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:1428385/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:141081/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:141006/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACAGATAATGCGGTTCa  >  1:377413/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTAACCGATaa           >  1:1063495/1‑52 (MQ=38)
aTCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACAGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:986867/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCATATCCACACCTTAGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:343153/1‑61 (MQ=255)
aTCGCCAAATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTCTTACCGATAATGCGGTTCa  >  1:32124/1‑61 (MQ=255)
                                         |                   
ATCGCCATATCCACACCTTTGCGGATCAGCGGTTCACCGCTTTTACCGATAATGCGGTTCA  >  W3110S.gb/1078550‑1078610

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A