Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,195,713 T→C E51E (GAA→GAG)  ymfB ← bifunctional thiamin pyrimidine pyrophosphate hydrolase and thiamin pyrophosphate hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,195,7130TC100.0% 514.9 / NA 175E51E (GAA→GAG) ymfBbifunctional thiamin pyrimidine pyrophosphate hydrolase and thiamin pyrophosphate hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (175/0);  total (175/0)

Only 100 of 175 total aligned reads displayed.

GTTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGTTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAG  >  W3110S.gb/1195676‑1195737
                                     |                        
gtTGCGGCTGCGCGCTGCTGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:767079/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGggcgg                >  1:1044810/1‑48 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCAc      >  1:713890/1‑58 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTaa   >  1:410582/1‑61 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTaa   >  1:1645883/1‑61 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTa    >  1:1282930/1‑60 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:475121/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:58975/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:589457/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:580452/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:572686/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:55931/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:558890/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:533094/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:500632/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:490589/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:49056/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:62521/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:471197/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:462353/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:43993/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:425970/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:401110/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:395679/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:374851/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:364464/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:358134/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:344666/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:842246/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:970839/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:956844/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:946203/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:923330/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:914950/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:901322/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:884497/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:881583/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:878062/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:867268/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:857588/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:594571/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:826957/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:813073/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:811218/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:804298/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:747696/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:727678/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:724095/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:65784/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:625461/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:321034/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:609159/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1231598/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:326334/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1368496/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1343903/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1323999/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1292093/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1290419/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1267746/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1266063/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1263122/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:126163/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1259483/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1386017/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1223627/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1217405/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1189770/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1171640/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1152348/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1145876/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1143257/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:110263/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1036465/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1021052/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1018785/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:159804/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1005806/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:296379/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:295791/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:291225/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:269028/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:254345/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:253924/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:235243/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:198086/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1647276/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1400952/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1570506/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1556910/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1545751/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1529923/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:148570/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1465226/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1456443/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1442162/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1430859/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1429342/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGCTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAg  >  1:1424001/1‑62 (MQ=255)
gtTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTACTTCCCACAGCTCAcgcgcg                 >  1:1076361/1‑47 (MQ=37)
                                     |                        
GTTGCGGCTGCGCGCTGATGCCGGTTTCTTCCCACAGTTCACGGGCGGCGGCTTCCACTAAG  >  W3110S.gb/1195676‑1195737

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A