Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,314,265 G→A P114S (CCG→TCG)  yciB ← predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,314,2650GA100.0% 650.4 / NA 224P114S (CCG→TCG) yciBpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/224);  total (0/224)

Only 100 of 224 total aligned reads displayed.

TTCAGCTTCGACCATACCGGTTGCGGCAGCGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAG  >  W3110S.gb/1314246‑1314307
                   |                                          
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:46256/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:645151/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:63258/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:613685/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:595642/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:586730/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:555331/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:528883/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:520015/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:514461/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:489069/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:474817/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:658621/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:444978/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:434620/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:42298/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:422065/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:374938/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:362835/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:349807/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:321425/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1006173/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:274398/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:270550/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:813885/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:982526/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:96851/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:954463/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:940429/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:929558/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:91032/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:892264/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:875678/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:862198/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:843310/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:831282/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:3115/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:805390/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:79143/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:78114/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:777516/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:755446/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:753642/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:751131/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:70917/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:70555/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:689196/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:679658/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1269751/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:249781/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1380406/62‑1 (MQ=255)
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ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1366902/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1350165/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1334300/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1330895/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:132278/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1311836/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1302226/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1298592/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1288034/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1391715/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1237399/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1222528/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1216456/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1169683/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1138319/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1110448/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1088214/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1051555/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1048613/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1034199/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1027535/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1542922/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:246092/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:241299/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:232082/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:220115/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:210873/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:16669/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1636705/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1624787/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1616619/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1604665/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1572994/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:155723/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1417277/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:150565/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1488935/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1481567/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1469983/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1452220/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1450784/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1444608/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:1440368/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAAGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:576523/62‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTCGACCATACCGATTGCGCCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:629544/62‑1 (MQ=255)
 tCAGCTTCGACCATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:898452/61‑1 (MQ=255)
            cATACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:494478/50‑1 (MQ=255)
              tACCGATTGCGGCAGGGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAg  <  1:666465/48‑1 (MQ=39)
                   |                                          
TTCAGCTTCGACCATACCGGTTGCGGCAGCGTGAGTTCTTTACCCAGCATCCGCTGAATTAG  >  W3110S.gb/1314246‑1314307

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A