Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,441,515 T→C E328E (GAA→GAG)  ydbK ← fused predicted Fe‑S subunit of pyruvate‑flavodoxin oxidoreductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,441,5150TC100.0% 17.3 / NA 8E328E (GAA→GAG) ydbKfused predicted Fe‑S subunit of pyruvate‑flavodoxin oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (8/0);  total (8/0)

AGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATTACATCCAGATAGAGCGGTTCTGCCTGGGCACCGGGTTCT  >  W3110S.gb/1441457‑1441518
                                                          |   
gggCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:255713/2‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:507517/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:667954/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:641178/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:599801/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:585271/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:569632/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:559475/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:553605/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:5466/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:537065/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:517220/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:669019/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:489560/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:485201/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:484963/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:46080/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:431138/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:403917/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:376647/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:345502/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:342767/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:787360/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:975440/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:971218/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:906205/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:876571/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:859392/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:859031/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:840006/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:828048/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:809141/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:790091/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1060147/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:781299/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:774706/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:765420/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:753000/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:748436/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:739406/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:698746/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:694088/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:682784/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1293485/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1446000/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1440456/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1375351/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1360053/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1355823/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1345739/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1340631/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1331921/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:133/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1300083/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:312990/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1267876/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1222141/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1220671/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1210000/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1200605/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1124848/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1115771/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1094669/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1029302/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1451402/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:332180/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:295754/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:287384/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:281158/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:261111/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:24085/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:200823/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:197202/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1626759/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1626559/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1602407/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1588066/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1568118/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1552416/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1466778/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGctct  >  1:1446702/1‑62 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:779424/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:238363/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:1582384/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:1195476/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:116309/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:396350/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:587722/1‑61 (MQ=255)
aGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATCACATCCAGGTACAGGGGTTCCGCTTGCGCACCTGGCTc   >  1:996438/1‑61 (MQ=255)
                                                          |   
AGGCTTCTGCCAGTGCGGTCATTACATCCAGATAGAGCGGTTCTGCCTGGGCACCGGGTTCT  >  W3110S.gb/1441457‑1441518

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A