Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,014,950 A→G L68L (TTA→CTA)  fliE ← flagellar basal‑body component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,014,9500AG100.0% 661.9 / NA 224L68L (TTA→CTA) fliEflagellar basal‑body component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (224/0);  total (224/0)

Only 100 of 229 total aligned reads displayed.

GGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGAGTGAATT  >  W3110S.gb/2014918‑2014979
                                |                             
ggCTTTTTGCTTATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:224498/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAgcgcca                          >  1:1157142/1‑38 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCTCCGAGGGTGAAtt  >  1:821458/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCgaggg        >  1:810321/1‑54 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCg            >  1:1007197/1‑52 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCg            >  1:686102/1‑52 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTg      >  1:636042/1‑58 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTg      >  1:794873/1‑58 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:52226/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:443279/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:368516/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:675071/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:1486196/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:169013/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:1292059/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:240280/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:230064/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:216016/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:209537/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:245322/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:254122/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:265156/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:340241/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1649809/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:980154/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:46201/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:16262/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:722435/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:977351/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:973067/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:925269/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:896937/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:859348/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:838221/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:827510/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:750758/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:496008/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:672122/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:640327/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:624485/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:594763/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:587042/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:565335/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:54476/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1238272/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1371575/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:13622/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:13507/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1338691/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1333026/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1327671/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1278176/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1258126/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1247219/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1242787/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1599319/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1221085/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1207255/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1168558/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1143361/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1134965/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1124126/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1116428/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1111896/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1085052/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1061126/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1618736/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1589217/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1399145/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1407696/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1582445/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1551969/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1464022/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1451393/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1493526/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1427202/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1541661/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1512698/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1445936/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:865859/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:805260/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:220367/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1217435/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:882060/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1017857/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1208651/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:48818/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:700805/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:29650/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:326606/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1415156/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:396289/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:604343/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:404067/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:430289/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1370088/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:509659/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:466270/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGCTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCg            >  1:942054/1‑52 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGATCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:894277/1‑62 (MQ=255)
                                |                             
GGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGAGTGAATT  >  W3110S.gb/2014918‑2014979

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A