Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,101,115 G→A N212N (AAC→AAT)  ugd ← UDP‑glucose 6‑dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,101,1150GA100.0% 526.3 / NA 184N212N (AAC→AAT) ugdUDP‑glucose 6‑dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (184/0);  total (184/0)

Only 100 of 184 total aligned reads displayed.

CCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAA  >  W3110S.gb/2101059‑2101119
                                                        |    
ccTTCGATAATCTGGCTAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:8969/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCAtt    >  1:129065/1‑59 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:447720/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:628627/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:616594/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:602386/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:591828/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:586227/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:510102/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:484762/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:479365/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:452890/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:452842/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:450513/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:654479/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:432220/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:405504/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:397259/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:365955/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:341116/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:331464/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:320904/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:301146/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:275186/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1017760/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:238771/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:775959/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:985034/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:954521/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:921565/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:913643/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:890191/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:885001/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:869150/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:842720/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:821823/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:811847/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:802408/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:645064/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:762507/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:749058/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:744169/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:732598/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:718130/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:713848/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:703664/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:693501/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:691046/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:263565/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1146574/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1349817/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:225153/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1295951/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1270645/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1256263/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:125126/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1217399/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1202942/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:118549/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1161893/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1150483/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:133030/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:114576/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1135422/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1128629/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1112123/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1096854/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:107475/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1073443/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1069332/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1048811/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1023715/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1019246/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1574963/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:203112/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:198377/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:181988/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1650837/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1627190/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1615192/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1603651/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1592607/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1351859/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1560438/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1538175/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1526964/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1447707/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1436306/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1417961/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1373440/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1372518/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1361811/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:1501806/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:820334/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:538179/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:1040860/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:945367/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGAATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:171015/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCCAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1468958/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCACACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCAtt    >  1:877058/1‑59 (MQ=255)
                                                        |    
CCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAA  >  W3110S.gb/2101059‑2101119

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A