Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,405,377 A→G D283D (GAT→GAC)  nuoF ← NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,405,3770AG100.0% 439.7 / NA 151D283D (GAT→GAC) nuoFNADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/151);  total (0/151)

Only 100 of 151 total aligned reads displayed.

AATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTG  >  W3110S.gb/2405366‑2405425
           |                                                
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:400282/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:545215/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:541106/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:522645/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:50740/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:501585/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:497916/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:4839/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:471911/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:412397/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:406278/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:403872/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:548463/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:396031/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:381844/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:345601/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:344343/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:32662/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:311282/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:302577/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:294699/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:284833/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1002904/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:239134/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:748506/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:986970/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:963492/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:935516/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:903243/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:888254/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:86560/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:848766/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:802906/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:785722/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:76574/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:753870/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:243275/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:731851/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:704150/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:668707/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:652342/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:638799/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:60462/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:590878/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:579662/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:568053/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:567616/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:557773/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1145006/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1310755/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:223859/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1304413/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1294340/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1264627/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1255666/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1238412/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1198965/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1188666/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:117738/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1158065/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1304433/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1141521/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1125597/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1110427/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1101001/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1088076/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1075387/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1043354/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1041734/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1034040/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:102505/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:10102/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1330239/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:198549/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:186709/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:179691/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1644606/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1642472/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1631615/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:161174/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1577743/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1508884/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:146810/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1460184/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1444040/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1441449/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1427662/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1388728/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1379909/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1347666/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1344337/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1336029/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1315247/60‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:676458/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:742587/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1063529/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:201498/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCACGCGTGCGgtggtg  <  1:1434141/59‑1 (MQ=255)
  tttCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:620108/58‑1 (MQ=255)
       gACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:327461/53‑1 (MQ=255)
           |                                                
AATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTG  >  W3110S.gb/2405366‑2405425

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A