Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,638,524 A→G H236H (CAT→CAC)  hisS ← histidyl tRNA synthetase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,638,5240AG100.0% 362.4 / NA 125H236H (CAT→CAC) hisShistidyl tRNA synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/125);  total (0/125)

Only 100 of 125 total aligned reads displayed.

CAGTTTGCACAGACCGGCAAAATGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAGTCACCTAATGCCGG  >  W3110S.gb/2638503‑2638565
                     |                                         
cagTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCT‑ATGCCgg  <  1:1325852/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGTTTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1503803/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:456728/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:651103/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:63558/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:62871/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:623740/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:622843/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:593615/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:582937/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:533435/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:502788/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:462838/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:652716/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:455416/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:455047/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:445619/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:441655/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:438773/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:42502/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:397705/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:382320/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:377275/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:373492/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:360805/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:101640/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:791410/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:975035/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:973247/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:969800/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:934731/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:902613/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:899494/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:878755/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:832953/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:806016/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:802120/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:793352/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:336055/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:791073/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:789341/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:773179/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:772972/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:771677/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:767152/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:739207/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:733281/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:73326/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:694887/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:672550/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1184190/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:135834/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:320406/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1335174/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1325734/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1295932/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:129344/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1261281/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1247466/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1220229/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1185835/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1185387/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1342919/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1169227/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1154388/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1146612/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1139638/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1123264/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:111715/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1108314/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1103462/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1077656/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1034674/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1032087/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1566167/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:252232/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:236893/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:201290/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:198074/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:176910/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1648852/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1605822/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1596569/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1569025/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1362360/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1535116/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1495077/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1494911/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:148175/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1477913/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1455510/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1453215/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1437981/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1403962/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1396729/62‑1 (MQ=255)
 agTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGACgg  <  1:757791/62‑1 (MQ=255)
  gTTTGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:877247/61‑1 (MQ=255)
    ttGCACAGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1597322/59‑1 (MQ=255)
         caGACCGGCAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:1553195/54‑1 (MQ=38)
                 cAAAGTGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAATCGCCTAATGCCgg  <  1:804091/46‑1 (MQ=37)
                     |                                         
CAGTTTGCACAGACCGGCAAAATGCTCACGAGATTCCTCGTCCAGATAGTCACCTAATGCCGG  >  W3110S.gb/2638503‑2638565

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A