Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,947,714 T→C intergenic (‑48/‑184) amiC ← / → argA N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/fused acetylglutamate kinase homolog (inactive) and amino acid N‑acetyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,947,7140TC100.0% 505.9 / NA 172intergenic (‑48/‑184)amiC/argAN‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/fused acetylglutamate kinase homolog (inactive) and amino acid N‑acetyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/172);  total (0/172)

Only 100 of 172 total aligned reads displayed.

TCTCCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACTAATTTGACCGGAAACT  >  W3110S.gb/2947670‑2947730
                                            |                
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:530398/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:648983/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:627796/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:618584/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:616245/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:604361/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:596638/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:58594/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:585743/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:576402/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:56091/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:548092/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:535099/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:652361/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:525151/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:510636/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:504394/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:486617/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:466065/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:454241/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:445701/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:432009/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:43149/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:418135/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:388539/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:829321/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:989676/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:987791/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:9287/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:915945/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:913605/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:906309/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:884055/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:883830/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:878177/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:856353/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:835839/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1027117/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:809864/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:801653/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:798387/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:785434/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:777742/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:763156/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:725197/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:685379/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:684980/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:670254/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:653818/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1254947/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:340567/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1448554/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1439760/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1431828/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:142800/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:137934/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1366286/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1345932/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1325473/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1307393/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1298880/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1450824/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1249396/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1233646/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1216357/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1166057/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1138055/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1132361/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:110643/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1077677/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:105800/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1047108/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1011422/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1462260/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:331331/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:318320/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:303961/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:294723/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:270775/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:263306/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:258193/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:248269/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:200710/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:199600/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:174729/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1651044/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1645216/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1640349/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1635236/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1621513/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1596230/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:157623/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1528076/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1478819/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1455519/61‑1 (MQ=255)
tctcCCGAGCAAAAGAAATATAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1105099/61‑1 (MQ=255)
  tcCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAAGGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:372224/59‑1 (MQ=255)
          aaaaGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:1413738/51‑1 (MQ=255)
               aaaTCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACCAATTTGACCGGAAACt  <  1:74863/46‑1 (MQ=255)
                         tgtgTTACAAGTAAACGACCAATTTGTCCGGAAACt  <  1:1473754/36‑1 (MQ=37)
                                            |                
TCTCCCGAGCAAAAGAAATCTAAGCTGTGTAACAAGTAAACGACTAATTTGACCGGAAACT  >  W3110S.gb/2947670‑2947730

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A