Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,956,524 G→A N339N (AAC→AAT)  ptr ← protease III

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,956,5240GA100.0% 538.1 / NA 183N339N (AAC→AAT) ptrprotease III
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/183);  total (0/183)

Only 100 of 183 total aligned reads displayed.

GATAGGATCGGAGTTGGCGCTAATGCCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGAAA  >  W3110S.gb/2956512‑2956573
            |                                                 
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:376719/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:523147/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:507819/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:503269/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:471204/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:469834/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:467433/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:455185/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:443680/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:44165/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:408480/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:403667/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:537960/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:368007/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:354315/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:34569/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:339346/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:331328/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:301900/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:272371/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:24690/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1000179/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:234682/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:18633/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:731512/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:988675/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:9839/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:95798/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:926197/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:911970/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:890284/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:872716/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:847261/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:814758/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:78653/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:757636/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:240039/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:716631/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:714181/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:709612/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:693807/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:690665/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:687112/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:674834/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:599073/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:584553/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:56678/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:553775/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:11871/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1333981/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1316590/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1308747/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:183604/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1288304/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1242118/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1227974/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1218882/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1217240/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1213456/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1204891/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1308040/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1176881/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1167896/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1152352/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1136911/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1109650/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1096830/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1085159/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1040655/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1029386/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:101212/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1353794/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1648459/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:161283/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1601949/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1587932/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:156775/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:156617/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1558526/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1550015/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1527253/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1485788/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1483291/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1412826/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1336280/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1360180/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1361472/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1384816/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1444108/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:143207/62‑1 (MQ=255)
gATAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAAACCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:560895/62‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:754929/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:633074/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1054832/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1511855/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:430260/61‑1 (MQ=255)
 aTAGGATCGGAATTGACGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1232088/61‑1 (MQ=255)
   aGGATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1165173/59‑1 (MQ=255)
    ggATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:1088058/58‑1 (MQ=255)
     gATCGGAATTGGCGCTAATACCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGaaa  <  1:289163/57‑1 (MQ=255)
            |                                                 
GATAGGATCGGAGTTGGCGCTAATGCCCTCAACTAATCCCTGCTTTTGCAGCCAGTCAGAAA  >  W3110S.gb/2956512‑2956573

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A