Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,222,392 T→C N368N (AAT→AAC)  ebgA → cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,222,3920TC99.5% 550.2 / NA 188N368N (AAT→AAC) ebgAcryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (0/187);  minor base G (0/1);  total (0/188)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 190 total aligned reads displayed.

GATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAATATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGA  >  W3110S.gb/3222366‑3222427
                          |                                   
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAAGATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1112979/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACTTCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:292652/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTTCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:346327/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:644983/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:73488/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:630124/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:611568/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:588280/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:5862/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:577295/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:572370/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:563402/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:547167/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:521296/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:477952/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:457512/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:443593/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:41350/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:412717/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:407624/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:396838/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:393536/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:370672/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:329307/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:309990/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:850/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:990380/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:97465/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:961755/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:955900/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:940852/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:939015/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:922192/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:908334/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:901203/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:891606/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:872837/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:670988/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:839927/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:836348/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:826764/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:821965/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:800378/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:78230/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:777924/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:773616/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:765374/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:749605/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:270519/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1147652/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1321411/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1302327/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1262373/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1260628/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1259021/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:124098/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1229284/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1201070/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1184418/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1176066/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1168776/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1164782/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:134662/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1143642/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1143240/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1142877/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1127703/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1123514/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1089364/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1079329/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1074493/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1058449/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1041264/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1022797/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1373494/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:218350/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:212056/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:197260/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:186749/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:169569/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1639277/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1633869/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1623977/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1617563/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:160093/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1568437/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1558767/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1557781/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1541647/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1522964/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1504921/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1484892/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1457693/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1435119/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1409143/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:239029/62‑1 (MQ=255)
gATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGAACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1425715/62‑1 (MQ=39)
 aTCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:679600/61‑1 (MQ=255)
  tctcCAGTTGATGAAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:37870/60‑1 (MQ=255)
          tgatgaAGCAGCACAACATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGa  <  1:1011048/52‑1 (MQ=255)
                          |                                   
GATCTCCAGTTGATGAAGCAGCACAATATCAACTCCGTGCGTACCGCTCACTACCCGAACGA  >  W3110S.gb/3222366‑3222427

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A