Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,223,544 A→G E752E (GAA→GAG)  ebgA → cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,223,5440AG100.0% 710.6 / NA 241E752E (GAA→GAG) ebgAcryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (241/0);  total (241/0)

Only 100 of 241 total aligned reads displayed.

AGTGGCAAACCGACATCCTGGCAGGTGAATGGCGAATCGCTGCTGACTCGCGA  >  W3110S.gb/3223509‑3223561
                                   |                 
aGTGGTAAGCCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1025931/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGTCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:140507/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGGGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1056137/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCgctg             >  1:98131/1‑42 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGGTGCTGACCCGCGa  >  1:60084/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGCCCCGCGa  >  1:1504584/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcgc  >  1:813186/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcg   >  1:109740/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcg   >  1:1594278/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcg   >  1:1424303/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCGGCGa  >  1:666203/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCgaga  >  1:1582319/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:690781/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:400890/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:675989/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:665916/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:66123/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:653049/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:602003/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:974444/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:593223/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:564688/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:551606/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:534128/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:519210/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:507427/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:492208/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:487943/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:465331/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:443176/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:417779/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:9606/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:779584/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:94716/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:934938/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:922059/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:911568/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:902531/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:886898/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:870110/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:802981/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:8015/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:791350/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:693231/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:775669/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:755569/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:747676/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:964660/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:740834/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:739347/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:342596/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:736453/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:725977/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:713908/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:125358/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:39683/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1518232/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1448848/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:140327/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:138334/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1362015/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1330980/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1303791/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1291165/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:12879/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1283112/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1533195/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1237583/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1213657/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1194765/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1180465/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:112807/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1106011/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1092797/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1082059/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1044841/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1023870/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:26187/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:380304/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:373716/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:347935/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1004809/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:33035/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:328375/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:316625/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:301262/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:298673/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:293585/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:269334/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1548442/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:240764/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:228647/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:222540/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:208464/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:189675/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1606126/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1578188/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1565068/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1557254/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGAAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1475404/1‑53 (MQ=255)
                                   |                 
AGTGGCAAACCGACATCCTGGCAGGTGAATGGCGAATCGCTGCTGACTCGCGA  >  W3110S.gb/3223509‑3223561

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A