Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,223,556 T→C T756T (ACT→ACC)  ebgA → cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,223,5560TC100.0% 678.6 / NA 235T756T (ACT→ACC) ebgAcryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (235/0);  total (235/0)

Only 100 of 235 total aligned reads displayed.

AGTGGCAAACCGACATCCTGGCAGGTGAATGGCGAATCGCTGCTGACTCGCGA  >  W3110S.gb/3223509‑3223561
                                               |     
aGTGGTAAACCGCCATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:237941/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGTCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:438952/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAATTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1517851/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGGGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1056137/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcg   >  1:109740/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCcgcg   >  1:1424303/1‑52 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCGGCGa  >  1:666203/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:534128/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:683717/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:675989/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:665630/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:66123/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:652643/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:601019/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:594517/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:584497/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:555115/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:538526/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:713908/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:517524/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:500427/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:492208/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:465331/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:417779/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:400890/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:382991/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:380304/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:373716/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:802981/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:980106/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:970421/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:963889/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:94716/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:930910/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:921602/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:911568/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:894471/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:886898/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:870110/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:807948/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:693231/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:8015/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:791350/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:779584/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:775669/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:755569/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:747676/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:739347/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:737649/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:725977/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:342596/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:128674/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1532631/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:347935/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1473303/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1445628/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1404302/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1401411/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:138334/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1358597/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1330980/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:129276/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1288958/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:150285/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1253218/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1229446/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1210658/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:118098/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1159241/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1117269/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1102209/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1089825/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1078400/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1023870/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1552979/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1004809/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:33035/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:328375/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:316625/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:309630/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:298673/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:293585/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:278589/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:26187/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:25166/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:222843/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:209793/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:189675/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1607025/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1604916/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1584153/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1579512/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1570775/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1558013/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:1538284/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCTGACCAGCGa  >  1:1265196/1‑53 (MQ=25)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCTGCGGACCCGCGa  >  1:743276/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGGCGAGTCGCAGCTGACCCGCGa  >  1:1039252/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACCGACATCCTGGCAAGTGAATGCCGAGTCGCTGCTGACCCGCGa  >  1:958318/1‑53 (MQ=255)
aGTGGTAAACAGACATCCTGTCAAGTGAATGGCGAGTCGCTCCTGACCCGCGa  >  1:483631/1‑53 (MQ=255)
                                               |     
AGTGGCAAACCGACATCCTGGCAGGTGAATGGCGAATCGCTGCTGACTCGCGA  >  W3110S.gb/3223509‑3223561

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A