Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,259,237 G→A S613F (TCT→TTT)  tdcE ← pyruvate formate‑lyase 4/2‑ketobutyrate formate‑lyase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,259,2370GA100.0% 359.9 / NA 125S613F (TCT→TTT) tdcEpyruvate formate‑lyase 4/2‑ketobutyrate formate‑lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (1/124);  total (1/124)

Only 100 of 125 total aligned reads displayed.

CCGTACACCACGTTAGAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACG  >  W3110S.gb/3259222‑3259269
               |                                
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCTGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1331267/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGTTAGGGACg  <  1:1379398/43‑1 (MQ=38)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTATGGACg  <  1:999277/43‑1 (MQ=38)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:35862/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1643003/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:530250/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:518655/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:518195/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:494038/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:478337/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:442782/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:428952/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:401193/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:381768/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:379303/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:56073/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:310896/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:281939/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:275920/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:246355/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:208634/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:202378/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:194049/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:190273/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1644851/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1004506/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:768626/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:949636/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:924024/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:91981/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:904820/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:888368/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:87006/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:863063/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:81504/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:812884/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:800602/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:77750/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:956720/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:760629/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:759812/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:706209/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:678327/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:676418/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:666473/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:633991/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:591274/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:963763/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:588295/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1158680/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1345261/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1340677/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1276780/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1258198/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1237419/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1218455/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1212799/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1196100/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1182035/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1173779/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1604528/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1144523/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1131169/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1115603/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1108273/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1103175/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1091821/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1041424/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1036706/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1010846/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1005295/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1484897/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1589701/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1533622/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1520047/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1516877/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1508067/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1504496/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1624279/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1489512/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1488807/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:14763/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1440111/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1436915/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1415507/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1410062/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1401328/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1395045/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1386131/43‑1 (MQ=255)
     caccacGTTAAAAGTGATAGGCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1588206/43‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:581181/42‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:999156/42‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1004889/42‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1029842/42‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:901525/42‑1 (MQ=255)
      accacGTTAAAAGTGATAGTAAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:651795/42‑1 (MQ=38)
       ccacGTTAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1428815/41‑1 (MQ=255)
          cGTTAAAAGTGATAGGCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1137089/38‑1 (MQ=38)
            ttAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1041026/36‑1 (MQ=255)
            ttAAAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACg  <  1:1603281/36‑1 (MQ=255)
               |                                
CCGTACACCACGTTAGAAGTGATAGTCAGAATCGACTGGGTAGGGACG  >  W3110S.gb/3259222‑3259269

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A