Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,442,153 T→C A524A (GCT→GCC)  thiC → thiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,442,1530TC100.0% 542.1 / NA 187A524A (GCT→GCC) thiCthiamin (pyrimidine moiety) biosynthesis protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (187/0);  total (187/0)

Only 100 of 187 total aligned reads displayed.

TGTTAAGCAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCTGCCCACGCCGCTGACCTGGCGAAAGGGC  >  W3110S.gb/3442108‑3442169
                                             |                
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGCCCTGGCGAAAggg   >  1:1027297/1‑61 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGAGCTGGCGAAAGGGc  >  1:1529692/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTgg           >  1:179810/1‑53 (MQ=37)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAggg   >  1:1507723/1‑61 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAggg   >  1:1215752/1‑61 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAggg   >  1:1547028/1‑61 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:484059/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:42152/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:435769/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:454123/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:470786/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:566960/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:491442/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:518396/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:546928/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:558772/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:667547/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:414641/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:404031/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:399273/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:389755/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:385055/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:363552/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:318294/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:315097/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:30008/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:261261/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:257982/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:803591/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:976085/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:954906/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:945072/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:93057/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:91692/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:900657/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:889531/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:887202/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:878579/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:863122/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:832290/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:818620/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:627086/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:79815/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:761094/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:75868/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:741/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:730650/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:725873/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:713269/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:7111/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:706484/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:67037/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:206797/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:116279/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:239723/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1327694/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1308847/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1292607/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1287719/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1284254/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1257637/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1233195/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1225198/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1199580/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1184194/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1346663/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1148228/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1135254/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1128383/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1119519/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1104505/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1088811/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:108758/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1067344/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1031791/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1013977/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:15442/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:229133/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:217633/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1013614/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:196343/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1640455/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:163196/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1619713/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1586968/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1575648/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1356569/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1519361/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1498959/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1468177/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1451867/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1440559/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1433121/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1407710/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1403312/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1402137/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1362040/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCAGGCGAAAGGGc  >  1:1055802/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGGGCTTATCACCAATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1394987/1‑62 (MQ=255)
tGTTAAACAGGCGCTTATCACCTATAAGATTGCCGCTCACGCCGCCGACCTGGCGAAAGGGc  >  1:1069275/1‑62 (MQ=255)
                                             |                
TGTTAAGCAGGGGCTTATCACCTATAAGATTGCTGCCCACGCCGCTGACCTGGCGAAAGGGC  >  W3110S.gb/3442108‑3442169

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A