Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,516,788 C→T L153L (CTG→TTG)  menA → 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,516,7880CT100.0% 422.6 / NA 146L153L (CTG→TTG) menA1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (146/0);  total (146/0)

Only 100 of 146 total aligned reads displayed.

ATCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTCTGGGTGATATTTCCGTACT  >  W3110S.gb/3516746‑3516807
                                          |                   
aTCCCCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:604105/1‑62 (MQ=255)
aTCCCCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:456193/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACCCCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:547847/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTGCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1544737/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTg                   >  1:65102/1‑45 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGat             >  1:674358/1‑51 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGt     >  1:144203/1‑59 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1023675/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:554849/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1518307/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:565173/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1405540/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1575296/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1318208/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:164600/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:219966/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:401939/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:238347/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:112065/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:1104343/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:263046/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTAc   >  1:828262/1‑61 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:339924/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:500537/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:479631/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:410980/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:472630/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:414273/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:747015/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:990585/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:851380/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:785183/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:758186/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:560614/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:745393/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:736368/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:713085/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:691034/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:61821/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:598257/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1168579/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:327757/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1369192/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1344778/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1315984/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1297142/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:12872/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1264872/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1259894/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:122319/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1191816/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1382938/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1168417/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1163995/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1076810/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1061905/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1061020/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1617453/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:309568/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:301194/1‑62 (MQ=255)
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aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:210710/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:184790/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:165537/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1648630/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1392997/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:160862/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:158989/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1562704/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1531712/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1528163/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:147447/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1469349/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1441901/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:1408008/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:13944/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTTTGGGGGATATTTCCGTACt  >  1:1074582/1‑62 (MQ=255)
aTCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTAATATCGGTTTGGGTGATATTTCCGTACt  >  1:934265/1‑62 (MQ=255)
                                          |                   
ATCACCTACACCGTGGGCAATCGTCCTTATGGTTATATCGGTCTGGGTGATATTTCCGTACT  >  W3110S.gb/3516746‑3516807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A