Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,799,452 |
T→C |
L314L (TTG→CTG) |
yicM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,799,452 | 0 | T | C | 99.4%
| 473.9
/ NA
| 165 | L314L (TTG→CTG) | yicM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (164/0); minor base A (1/0); total (165/0) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGGATTCGGCGTGGATGGCTTAACGCTGGTGCTGTTGAGTTTTGGTATCGCCAGCT > W3110S.gb/3799412‑3799473
|
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGc > 1:376883/2‑57 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGc > 1:383972/2‑57 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAg > 1:948089/2‑60 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:84071/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:1369130/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:721659/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:731057/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:471001/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:808245/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:1237033/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:111711/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:266171/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:358080/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGc > 1:561315/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:441013/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:513037/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:507306/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:496923/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:476181/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:465991/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:537976/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:45672/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:455896/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:445448/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:647451/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:432305/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:419356/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:395623/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:373641/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:333592/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:759010/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:986389/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:942609/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:873960/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:872058/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:865924/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:846303/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:841373/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:823369/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:808319/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:780320/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:553219/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:757765/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:700141/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:696225/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:670528/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:649693/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:297307/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:639808/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:625961/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:589772/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1272709/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1464421/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1453013/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1445806/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1434154/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1428525/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1400585/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1362894/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1335748/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1328995/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1315175/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1283368/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1007093/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1264874/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1260216/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1211906/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1173386/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1160559/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1123267/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1115538/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1078947/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1066142/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1060611/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1605423/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1012654/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:287551/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:286477/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:242131/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:240710/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:23692/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:210309/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:178389/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1649182/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1646167/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1642766/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1621652/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1471056/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1596981/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1591552/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1591414/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:156584/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1550674/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1524163/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1502787/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:1491437/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGATGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:693370/2‑62 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTCCTGCTGAGTTTTGGTATCTCCAGc > 1:1551493/2‑61 (MQ=255)
tcTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCCTGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCGCCAGCt > 1:634551/2‑62 (MQ=255)
acTGGCGGGATTCGGTGTTGATGGCTTAACCCTGGTGCTGCTGAGTTTTGGTATCACCAGCt > 1:348822/2‑62 (MQ=255)
|
CCTGGCGGGATTCGGCGTGGATGGCTTAACGCTGGTGCTGTTGAGTTTTGGTATCGCCAGCT > W3110S.gb/3799412‑3799473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
