Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,820,897 G→T A551S (GCT→TCT)  ligB → DNA ligase, NAD(+)‑dependent

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,820,8970GT99.3% 380.3 / NA 140A551S (GCT→TCT) ligBDNA ligase, NAD(+)‑dependent
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/1);  new base T (0/139);  total (0/140)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 140 total aligned reads displayed.

TTATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGGCTGCCCAGCAGA  >  W3110S.gb/3820847‑3820909
                                                  |            
ttATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCcagcag   <  1:72594/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:414611/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:613245/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:570530/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:567803/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:562079/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:53526/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:525236/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:507476/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:456855/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:45470/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:419030/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:418058/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:654411/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:414436/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:411603/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:386421/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:373388/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:349414/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:345797/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:320091/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:302405/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:302253/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:261951/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1016706/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:79664/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:97353/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:955988/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:922880/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:917004/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:893506/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:876183/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:859064/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:8375/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:834925/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:813164/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:805718/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:644644/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:796546/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:791557/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:762381/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:739303/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:734120/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:718788/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:692257/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:682226/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:672744/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:66992/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:260754/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1270068/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1413091/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1380042/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1367256/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1355771/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1338303/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1337990/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1334502/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1327699/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1317255/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:129291/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1271567/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:248652/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1243345/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:123551/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1217280/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1217084/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1198295/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1172062/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1155239/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1143819/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:109066/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1077939/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:103751/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1441899/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:249517/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:230883/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:208975/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:173763/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1643713/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1629143/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1620774/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1600533/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1593341/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1553965/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1432318/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1465446/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1467714/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1470610/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1534972/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1542034/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1547858/62‑1 (MQ=255)
 tATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGGCTGCCCAGCAGa  <  1:1073855/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:171244/61‑1 (MQ=255)
  aTTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1182790/61‑1 (MQ=255)
  aTTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:912737/61‑1 (MQ=255)
  aTTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1458204/61‑1 (MQ=255)
     gAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:101692/58‑1 (MQ=255)
            aggaaAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:262318/51‑1 (MQ=255)
                        aaaTCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:215274/39‑1 (MQ=255)
                          aTCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGTCTGCCCAGCAGa  <  1:1569387/37‑1 (MQ=255)
                                                  |            
TTATTGAATGGAAGGAAAATGCGCAAATCAAGAAGCTGGGCAGTTGGCTGGCTGCCCAGCAGA  >  W3110S.gb/3820847‑3820909

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A