Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,031,045 A→G I52I (ATT→ATC)  yhhQ ← conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,031,0450AG98.8% 232.4 / ‑5.0 81I52I (ATT→ATC) yhhQconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base G (80/0);  minor base T (1/0);  total (81/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

CGGTCAGGTCGGTAGCAAGAAAAATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGGAA  >  W3110S.gb/4031023‑4031083
                      |                                      
ctgtcaggtcagTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:977070/3‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAATATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:119693/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGc                           >  1:658900/1‑36 (MQ=37)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAAcg                     >  1:1226556/1‑42 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGccc                >  1:1104698/1‑47 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaac  >  1:455393/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaa   >  1:647188/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaa   >  1:1159719/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaa   >  1:1371140/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaa   >  1:433526/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATgaa   >  1:1551108/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:606942/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:634025/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:563158/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:560918/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:538744/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:50575/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:503865/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:457361/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:454454/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:433389/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:427304/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:416970/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:415113/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:397075/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:39433/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:788688/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:964179/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:940511/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:883474/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:86645/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:84051/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:833232/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:814021/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:973685/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:62823/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:771602/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:730019/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:70562/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:696470/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:303589/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:9724/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:633947/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1184746/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:387370/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1394511/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1372460/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1292294/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1279524/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1249226/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1234644/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1186367/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1396263/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1180784/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1155885/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1134207/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1103357/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1089016/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1085328/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1081427/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1059744/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1605493/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:25351/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:238610/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1022178/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:233385/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1632951/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1627607/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1626604/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1615054/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1555243/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1546413/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:150182/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:316239/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:147889/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1414795/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1402095/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGAGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:331373/1‑61 (MQ=255)
cGGTCAGGTCAGTAGAGAGAAAGATAAACGGAACGCTaa                        >  1:1309120/1‑39 (MQ=16)
cGGTCAGGTCAGTAGAGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:1407817/1‑61 (MQ=255)
aggtcaggtcaGTAGCGAGAAAGATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGaaa  >  1:904538/2‑61 (MQ=255)
                      |                                      
CGGTCAGGTCGGTAGCAAGAAAAATAAACGGAAAGCTAAACGCGCCCCAGGTGGTATGGAA  >  W3110S.gb/4031023‑4031083

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A