Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,273,221 C→T D72D (GAC→GAT)  aphA → acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,273,2210CT89.7% 457.5 / 26.9 204D72D (GAC→GAT) aphAacid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (21/0);  new base T (0/182);  total (21/183)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-29
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01

Only 100 of 204 total aligned reads displayed.

AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT  >  W3110S.gb/4273163‑4273229
                                                          |        
  aTTTAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:414009/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:67431/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1349691/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:326626/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1390635/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:778885/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:506636/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:141888/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1453369/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:31049/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:266793/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:713637/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:687870/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:67995/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1337822/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1592222/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1612067/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:673154/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1625288/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:667023/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1640152/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:641377/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:624280/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:594481/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:555235/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:52112/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:488014/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:454595/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1023556/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1029919/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:972077/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1063810/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:397695/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:950971/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1111212/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:903291/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:480655/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1138256/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:11568/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:802101/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1182939/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1190852/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:868213/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1236771/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1238735/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1249993/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1257884/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1274234/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:493355/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:813432/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGAAACGGt     <  1:1006778/62‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGAGGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1379531/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACggc     <  1:1127662/61‑2 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:719921/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:511319/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:724695/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:771415/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:830472/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:892619/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:960201/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1000744/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:457311/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:975546/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:155007/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1016425/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1072535/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1119832/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1294883/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1395621/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1411637/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1468700/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1520891/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1532600/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1623038/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:163437/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1651583/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:175906/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:375187/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:336241/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:271734/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATAAGGt     <  1:1046070/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGATTGATATCGATGATACGGt     <  1:429050/61‑1 (MQ=38)
    tGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1348845/60‑1 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCTCAGGAAGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:560356/59‑1 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:131942/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:417726/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:211046/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:173013/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:1206831/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:354764/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:227964/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:795828/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:1495083/1‑62 (MQ=255)
      aaaaTAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1568669/58‑1 (MQ=255)
               tCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:569924/49‑1 (MQ=38)
                     gacGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1103741/41‑1 (MQ=38)
                     gacGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:737043/41‑1 (MQ=38)
                      acGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1165652/41‑1 (MQ=255)
                          ccGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:472361/38‑1 (MQ=255)
                            gCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:324899/36‑1 (MQ=255)
                                                          |        
AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT  >  W3110S.gb/4273163‑4273229

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A