Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,338,505 T→G A42A (GCA→GCC)  basR ← DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with BasS

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,338,5050TG100.0% 665.6 / NA 225A42A (GCA→GCC) basRDNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with BasS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (225/0);  total (225/0)

Only 100 of 225 total aligned reads displayed.

GCTGTAATGACCTGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTTGTCACGCTATCGCACG  >  W3110S.gb/4338493‑4338554
            |                                                 
gCTGTAATGACCGGCCTCCAGGCTTTGTTCCGCCATcc                          >  1:1042945/1‑38 (MQ=38)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATc                           >  1:1112251/1‑37 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCcgc                        >  1:645813/1‑40 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCcgc                        >  1:821798/1‑40 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGGCATCGCAcg  >  1:60760/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCCcg  >  1:1391230/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:413917/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:561552/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:542214/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:53315/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:511139/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:460215/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:456154/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:450588/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:446662/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:435534/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:420810/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:290240/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:410531/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:393529/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:37477/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:366988/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:333062/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:321633/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:31683/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:308055/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:292987/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1026059/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:759797/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:93921/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:920143/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:918188/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:893033/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:883671/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:857697/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:833481/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:797762/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:787121/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:770997/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:564125/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:747108/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:726675/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:710626/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:694254/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:674998/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:665124/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:632684/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:617120/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:584112/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:574598/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1210451/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1444612/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1431043/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1401797/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1368814/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1357956/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1324325/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1312947/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1275974/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1265585/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1247680/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1230853/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:25364/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:12021/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1184790/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1171587/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:116606/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1123955/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1094750/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1076628/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1064227/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1057790/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1038508/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1000917/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1469924/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:24311/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:227136/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:222127/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:207545/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:173563/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:166600/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:162833/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1619549/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1609605/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1599767/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1591575/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1586587/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1560221/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1549364/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1518306/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:151221/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1483414/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:1457977/1‑62 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:402311/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:1140968/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:498881/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:861226/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:1491221/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAc   >  1:288388/1‑61 (MQ=255)
gCTGTAATGACCGGCCTCAAGGCTTTGTTCAGCCATCCGCGCGGTGCTCACGCCATCGCAcg  >  1:971806/1‑62 (MQ=255)
            |                                                 
GCTGTAATGACCTGCCTCAAGGCTTTGTTCCGCCATCCGCGCGGTTGTCACGCTATCGCACG  >  W3110S.gb/4338493‑4338554

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A