Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,376,117 A→G P137P (CCA→CCG)  groL → Cpn60 chaperonin GroEL, large subunit of GroESL

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,376,1170AG100.0% 503.7 / NA 171P137P (CCA→CCG) groLCpn60 chaperonin GroEL, large subunit of GroESL
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (171/0);  total (171/0)

Only 100 of 171 total aligned reads displayed.

CTGAAAGCGCTGTCCGTACCATGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCATCTCC  >  W3110S.gb/4376097‑4376159
                    |                                          
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAg                 >  1:581712/1‑48 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTgg            >  1:85678/1‑53 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:36857/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:514162/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:502518/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:474752/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:473887/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:466153/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:43952/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:432557/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:403521/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:390343/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:386194/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:549051/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:361170/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:329096/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:301460/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:260978/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1002466/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:19825/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1649738/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1636659/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1629433/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:798417/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:968993/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:936433/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:910917/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:897967/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:890058/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:887094/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:877428/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:872717/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:83198/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:822988/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:530822/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:768393/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:762543/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:728309/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:643749/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:629359/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:615911/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:595955/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:558399/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:250599/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1205589/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1372209/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1366961/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1354614/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1347915/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1311113/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1629345/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1299922/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1286749/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1259628/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:12395/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1307394/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1168629/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1136403/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1131510/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1127352/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:109711/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:107516/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1068673/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1055429/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1040864/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1036855/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1378984/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1527756/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1515860/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1539131/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1543281/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:155802/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1614709/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1511881/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1511546/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1487512/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1451449/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1450663/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:156992/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1422219/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:1419340/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:138020/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtcta   >  1:901075/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:1058095/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:225590/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:949720/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:285255/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:1522695/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:808454/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:9601/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:1191637/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:1193257/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:352286/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:696401/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:1290696/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtct    >  1:41852/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAt      >  1:1050903/1‑59 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAactc   >  1:488225/1‑62 (MQ=255)
cTGAAAGCGCTGTCCGTACCGTGCTCTGACTCT‑AAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctct  >  1:777012/1‑61 (MQ=255)
cTGAAAGAGCTGTCCGTACCGTGCTCTGCCTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCAtctc   >  1:669697/1‑62 (MQ=255)
                    |                                          
CTGAAAGCGCTGTCCGTACCATGCTCTGACTCTAAAGCGATTGCTCAGGTTGGTACCATCTCC  >  W3110S.gb/4376097‑4376159

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A