Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,526,544 T→C G53G (GGA→GGG)  yjhF ← predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,526,5440TC100.0% 481.6 / NA 164G53G (GGA→GGG) yjhFpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (164/0);  total (164/0)

Only 100 of 164 total aligned reads displayed.

CGCCAAGTCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACTGGCGATGGCGAC  >  W3110S.gb/4526537‑4526600
       |                                                        
cGCCACGCCCGGATTCGCCTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1221995/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTc                            >  1:927239/1‑38 (MQ=38)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGCCTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:3683/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATAcc                 >  1:1030133/1‑49 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:654351/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:701454/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:638902/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:638021/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:626661/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:607599/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:598511/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:571089/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:551664/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:549310/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:537372/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:508601/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:489671/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:470904/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:463348/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:429987/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:421536/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:392930/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:357654/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:354430/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:338032/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:324081/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:322916/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:860297/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:98059/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:975825/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:967173/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:956749/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:951615/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:94512/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:938980/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:919857/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:894423/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:874353/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:871553/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:672306/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:857693/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:812832/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:807523/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:807452/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:775503/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:745950/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:743042/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:732390/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:717133/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:295122/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:694852/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:126861/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:297321/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1419851/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1396733/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1382113/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1377972/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1371139/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1368762/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1351835/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1337749/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1322585/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1317605/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1435656/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1230859/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1197506/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1157420/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1119516/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1111847/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1098147/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1082772/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1072773/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1052064/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:103994/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1021772/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1621503/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1000870/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:262226/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:25157/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:250766/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:179450/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:17765/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:171322/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1630238/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1439118/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1616427/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1602846/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1601475/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1597914/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1586593/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1561052/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1503616/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1484487/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1475438/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1449062/1‑61 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatg       >  1:1190569/1‑59 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACtggcgatg       >  1:1353784/1‑59 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACt              >  1:1639191/1‑52 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACTG‑‑GATGGCGAc  >  1:198454/1‑62 (MQ=255)
cGCCAAGCCCGGATTCGACTGAGGTGACGACCTTACTCAAATCCATACCACtggcgatggc     >  1:1642209/1‑61 (MQ=255)
       |                                                        
CGCCAAGTCCGGATTCGACTGAGGTGACGACTTTACTCAAATCCATACCACTGGCGATGGCGAC  >  W3110S.gb/4526537‑4526600

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A