Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,572,893 C→T Q103Q (CAG→CAA)  yjiO ← multidrug efflux system protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,572,8930CT100.0% 782.1 / NA 269Q103Q (CAG→CAA) yjiOmultidrug efflux system protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (269/0);  total (269/0)

Only 100 of 269 total aligned reads displayed.

ATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTCATAGACG  >  W3110S.gb/4572858‑4572906
                                   |             
aTACTGGTTCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:578715/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCCCGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:673066/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCTTTGACg  >  1:917170/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGa    >  1:304211/1‑47 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGAc   >  1:137248/1‑48 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGAc   >  1:866963/1‑48 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGAc   >  1:1258336/1‑48 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:468867/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:644231/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:628557/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:617832/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:606592/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:573705/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:539174/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:533049/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:502209/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:47605/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:280154/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:456527/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:443193/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:431689/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:416817/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:373382/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:348519/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:328496/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:320551/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:297278/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:26309/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:838923/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:998242/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:997128/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:981989/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:980516/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:977714/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:937785/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:929774/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:922722/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:895560/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:875296/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:853461/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:651825/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:82907/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:824782/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:807644/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:769854/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:764231/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:761194/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:748039/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:740765/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:722080/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:683470/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1200625/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:135893/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1347223/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1343225/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:132234/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1311499/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1291302/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1270263/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1260538/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:123507/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1224492/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1217697/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1373631/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1184253/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1169931/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1160479/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:115683/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1145618/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1133705/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1124204/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1095767/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1074166/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1033750/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1012118/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1545163/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:248008/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:235663/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:213136/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:201964/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:183037/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1643103/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1609422/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1585737/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1571726/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1549973/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1002159/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1525016/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1519219/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1515344/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1509320/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1499733/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1489344/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1484466/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1439739/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1429786/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1419738/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1401450/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTGAATTGCACGCACGATAAGAAATTGTGTCATTGACg  >  1:1598104/1‑49 (MQ=255)
aTACTGGTGCCCTCAATTGCACGCGCGATAAGAAATTgtgt          >  1:956752/1‑41 (MQ=255)
                                   |             
ATACTGGTGCCCTGAATTGCACGCGCGATAAGAAACTGTGTCATAGACG  >  W3110S.gb/4572858‑4572906

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A