Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F28 I3 R2	489	0.0	1652083	58.3%	963164	55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,580,359	+A	pseudogene (1543/2721 nt)	yjiV →	ECK4334:JW5954:b4486; conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,580,355	1	.	A	78.8%	174.6 / 54.0	80	pseudogene (1539/2721 nt)	yjiV	ECK4334:JW5954:b4486; conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/2); new base A (0/63); total (15/65)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-14
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCT  >  W3110S.gb/4580316‑4580396

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑aaa                                         >  1:740316/1‑43 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:1305054/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:158934/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:588311/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:1595247/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:500123/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:1370206/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:676369/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:1322138/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:706246/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:881297/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:95443/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:223145/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:878316/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:1027493/1‑60 (MQ=255)

ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt                       >  1:178135/1‑60 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:402877/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:311134/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:41532/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:397361/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:497980/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:402407/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:520816/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:538050/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:317107/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:21863/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:543877/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:330362/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:548335/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:58992/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:612878/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:630324/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:637581/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:638149/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:641547/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:677566/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:720673/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:835702/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:841693/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:842881/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:871168/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:913259/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:940570/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:946155/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1169786/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:292403/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1337020/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1308657/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1282364/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1256757/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1255121/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1240866/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1184735/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1376889/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1156849/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1149240/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1140307/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1137689/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1137012/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:108591/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:107823/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1602391/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:237795/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:173173/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1651486/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1650053/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:164505/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1640110/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1603683/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1603014/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1456348/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:159483/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1580549/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1547122/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1503249/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1465857/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1464096/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACACCTTATCt  <  1:1333918/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAAGTCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:788386/62‑1 (MQ=255)

                    ggATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAAGTCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:786454/62‑1 (MQ=255)

                     gATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt  <  1:1614524/61‑1 (MQ=255)

TTCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCT  >  W3110S.gb/4580316‑4580396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A