Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,586,637 G→A P365L (CCG→CTG)  hsdM ← DNA methylase M

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,586,6370GA100.0% 248.2 / NA 87P365L (CCG→CTG) hsdMDNA methylase M
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/87);  total (0/87)

TCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCGGGTTCGCCACCGTCCCTTT  >  W3110S.gb/4586595‑4586656
                                          |                   
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:543753/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:700622/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:688678/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:686027/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:662238/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:661657/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:654320/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:644649/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:638247/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:592905/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:567123/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:713171/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:528292/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:496705/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:481389/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:436754/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:419029/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:418635/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:375351/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:351018/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:242113/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:100153/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:894588/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:987623/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:971269/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:954817/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:947485/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:944689/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:943586/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:917239/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:903732/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:903161/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:900079/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:240706/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:892482/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:869860/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:807263/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:785096/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:784523/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:774438/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:745514/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:72144/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:713868/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1181320/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1462124/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1458961/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1437626/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1413801/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1398554/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1328320/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1196760/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1192542/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1187676/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:191254/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1169366/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1087017/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1084803/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1071256/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1058793/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1052014/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1033820/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1026256/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1024755/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:186505/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:15979/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1578088/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1603663/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1558925/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1623396/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1558329/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:183278/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1552694/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:210953/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:146275/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:154467/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:153711/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1532271/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1492040/62‑1 (MQ=255)
tCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1467106/62‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1015200/61‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1111922/61‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1180772/61‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1555931/61‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:582684/61‑1 (MQ=255)
 cATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:131198/61‑1 (MQ=255)
    acacCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTGCGCCACCGTCCCttt  <  1:318382/58‑1 (MQ=255)
                   cGGTACAGTTCTTATCCTGATTCAGGTTCGCCACCGTCCCttt  <  1:1326870/43‑1 (MQ=255)
                                          |                   
TCATACACCCACACATCATCGGTACAGTTCTTATCCTGATTCGGGTTCGCCACCGTCCCTTT  >  W3110S.gb/4586595‑4586656

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A