Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,007,192 (T)5→6 intergenic (+130/‑56) ydgH → / → ydgI hypothetical protein/predicted arginine/ornithine antiporter transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,007,1871.T100.0% 327.4 / NA 91intergenic (+125/‑61)ydgH/ydgIhypothetical protein/predicted arginine/ornithine antiporter transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (91/0);  total (91/0)

ACATCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCA‑TTTTTATGCGTTTTGCCCT  >  minE/1007147‑1007206
                                         |                   
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCa                      >  1:3516631/1‑41 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCa                      >  1:708473/1‑41 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3097811/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3360752/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3356086/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3317092/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3307730/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3229752/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3162684/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3137571/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3132614/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3115666/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3115615/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3539921/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3070658/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3065/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3060273/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:3053325/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2992458/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2958151/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2939428/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2931259/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2892210/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2845808/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1003817/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:795219/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:974792/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:963278/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:946026/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:92826/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:893792/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:87351/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:860951/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:804599/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:80006/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:795336/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2809864/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:794661/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:786130/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:785499/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:750752/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:718288/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:701724/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:506777/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:501091/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:437908/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:41784/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1670577/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2782487/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1934807/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1918781/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1893777/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1854961/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1846906/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:18117/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1775010/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1759021/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1744271/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1736194/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2044381/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1597192/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1561076/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1547147/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1530001/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1380751/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1314381/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1197670/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1126679/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1087770/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1070540/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2574690/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2760940/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2720890/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2714227/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2691038/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2687147/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2679923/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2627643/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2588446/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:253157/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:250824/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:248246/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:240750/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2393112/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2391463/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2353612/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2318793/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2286195/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2264949/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:2180733/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGAGTTTTGCCCt  >  1:2094806/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCA‑tttttt               >  1:1164566/1‑46 (MQ=255)
acaTCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTAGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGCCCt  >  1:1124634/1‑61 (MQ=255)
acaTCTCTTAGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCATTTTTTATGCGTTTTGc     >  1:2899055/1‑58 (MQ=255)
                                         |                   
ACATCTCTTCGTAAAATCCCGCGCTTCAGTGGCAAACTCCA‑TTTTTATGCGTTTTGCCCT  >  minE/1007147‑1007206

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A