Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
834,703 |
A→C |
18.6% |
D1054A (GAT→GCT) |
narG → |
nitrate reductase 1, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 834,703 | 0 | A | C | 18.6%
| 151.7
/ 40.2
| 86 | D1054A (GAT→GCT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/38); new base C (8/8); total (40/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAG > minE/834635‑834773
|
cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:269066/71‑1 (MQ=255)
cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:202207/71‑1 (MQ=255)
cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:2117088/71‑1 (MQ=255)
gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:205397/71‑1 (MQ=255)
cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:906536/68‑1 (MQ=255)
gATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:519447/68‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt < 1:1306503/69‑1 (MQ=255)
aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3213661/71‑1 (MQ=255)
tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3933976/1‑70 (MQ=255)
ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg > 1:3103255/1‑71 (MQ=255)
cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3604711/1‑71 (MQ=255)
aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc > 1:1294340/1‑71 (MQ=255)
tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct > 1:649083/1‑71 (MQ=255)
tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:3139982/71‑1 (MQ=255)
gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:3624194/63‑1 (MQ=255)
gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:598416/63‑1 (MQ=255)
gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:1219791/71‑1 (MQ=255)
cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:2218364/69‑1 (MQ=255)
gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgctg < 1:2237273/71‑1 (MQ=255)
aCGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggc > 1:2513776/1‑70 (MQ=255)
cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1391373/1‑56 (MQ=255)
cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt < 1:1766230/71‑1 (MQ=255)
cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:1069052/70‑1 (MQ=255)
gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:1339550/1‑68 (MQ=255)
gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:921693/1‑68 (MQ=255)
gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:1594662/71‑1 (MQ=255)
gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3119623/1‑70 (MQ=255)
ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1865375/1‑50 (MQ=255)
ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:602307/1‑50 (MQ=255)
ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1459784/1‑50 (MQ=255)
ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:211357/71‑1 (MQ=255)
ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:2364691/1‑54 (MQ=255)
ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:372095/1‑71 (MQ=255)
tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:1663510/1‑71 (MQ=255)
gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:432688/71‑1 (MQ=255)
gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:3034171/71‑1 (MQ=255)
agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:463309/49‑1 (MQ=255)
aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:1179273/1‑67 (MQ=255)
aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:3103029/1‑67 (MQ=255)
gCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:2479820/48‑1 (MQ=255)
gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATTCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg < 1:2242873/60‑1 (MQ=255)
gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg > 1:3530863/1‑45 (MQ=255)
gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:1606177/71‑1 (MQ=255)
cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCGTGCTGGTTTa > 1:3890062/1‑56 (MQ=255)
aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGGGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:2328104/1‑43 (MQ=255)
aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca > 1:817567/1‑71 (MQ=255)
aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa < 1:3585401/69‑1 (MQ=255)
cTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGacac > 1:838356/1‑71 (MQ=255)
tGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:3039403/65‑1 (MQ=255)
gTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAccc > 1:719501/1‑71 (MQ=255)
aTCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCg > 1:1853893/1‑70 (MQ=255)
tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCg > 1:1281944/1‑69 (MQ=255)
tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGta < 1:3874277/71‑2 (MQ=255)
tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGta < 1:309197/71‑2 (MQ=255)
tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:580911/1‑53 (MQ=255)
tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:576257/1‑53 (MQ=255)
tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGtt < 1:3686967/71‑1 (MQ=255)
aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc > 1:44742/1‑48 (MQ=255)
aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTc < 1:984172/70‑1 (MQ=255)
aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTc < 1:426008/70‑1 (MQ=255)
ggATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtag > 1:2337017/1‑67 (MQ=255)
ggATCAACCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCg > 1:192/1‑59 (MQ=255)
gATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCgcc > 1:3401231/1‑47 (MQ=255)
gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGt < 1:2205433/71‑1 (MQ=255)
gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGt < 1:2155285/71‑1 (MQ=255)
tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgctg < 1:1399864/37‑1 (MQ=255)
tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccg < 1:3398889/49‑1 (MQ=255)
tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccg < 1:1893049/49‑1 (MQ=255)
tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:3705689/71‑1 (MQ=255)
cACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:2154747/40‑1 (MQ=255)
aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:2883648/1‑49 (MQ=255)
aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:2888313/1‑49 (MQ=255)
aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:3233194/1‑49 (MQ=255)
ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGac < 1:1158622/55‑1 (MQ=255)
aGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGacac > 1:1098755/1‑55 (MQ=255)
tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:3342206/1‑46 (MQ=255)
tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa > 1:1193428/1‑46 (MQ=255)
aTGCGTGATTTCGGTGAAAGCGTGCTGGTTTATCGTccgcc < 1:871147/41‑1 (MQ=255)
aTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGAt < 1:3639100/71‑1 (MQ=255)
gCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:2224679/40‑1 (MQ=255)
gCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTGTATCGTccgccg < 1:3564993/40‑1 (MQ=255)
tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca < 1:3750205/44‑1 (MQ=255)
tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa > 1:2025409/1‑42 (MQ=255)
tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa > 1:1284508/1‑42 (MQ=255)
tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGtt < 1:852786/50‑1 (MQ=255)
tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGtt < 1:2024037/50‑1 (MQ=255)
aTTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAg < 1:2938012/71‑1 (MQ=255)
|
CGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAG > minE/834635‑834773
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
