Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
918,188 |
G→A |
31.5% |
E432K (GAA→AAA) |
ybjD → |
conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 918,188 | 0 | G | A | 31.5%
| 103.7
/ 60.2
| 73 | E432K (GAA→AAA) | ybjD | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/18); new base A (15/8); total (47/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTG > W3110S.gb/918122‑918256
|
aaGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATg > 1:4159786/1‑71 (MQ=255)
aGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATgg < 1:1786761/71‑1 (MQ=255)
cATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATg > 1:2295505/1‑71 (MQ=255)
aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCGTg < 1:1285985/70‑1 (MQ=255)
aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg < 1:4638526/70‑1 (MQ=255)
aTTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg > 1:1394139/1‑70 (MQ=255)
gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACt > 1:2225809/1‑71 (MQ=255)
tGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGaa > 1:2561629/1‑55 (MQ=255)
cAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATgg > 1:2996089/1‑71 (MQ=255)
aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc > 1:1077326/1‑71 (MQ=255)
aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc < 1:634763/71‑1 (MQ=255)
cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt > 1:2954259/1‑70 (MQ=255)
cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt > 1:1329152/1‑70 (MQ=255)
cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:5078620/71‑1 (MQ=255)
gCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCa < 1:3276516/48‑1 (MQ=255)
gCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:186775/1‑71 (MQ=255)
aaaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGt > 1:1651473/1‑54 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGaa > 1:1195050/1‑39 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:4268209/1‑71 (MQ=255)
ccACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAggg > 1:678134/1‑69 (MQ=255)
cACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGtaag < 1:4851198/71‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGc > 1:353843/1‑38 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGc > 1:4933156/1‑38 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATg < 1:866750/41‑1 (MQ=255)
cTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaagaa < 1:5146858/71‑1 (MQ=255)
tGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGc < 1:4422911/53‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGTATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata > 1:3014086/1‑71 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCa > 1:421305/1‑35 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa < 1:4156380/69‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1261739/70‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATg < 1:2223118/37‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATCGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1854157/70‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:4235986/70‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGCCCGCCGAATCGGGATTGAATGTCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAat < 1:1859949/69‑1 (MQ=255)
tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAg > 1:828258/1‑59 (MQ=255)
aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTg > 1:861939/1‑39 (MQ=255)
aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGa > 1:4312557/1‑50 (MQ=255)
aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:555653/1‑70 (MQ=255)
aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGGAGAAATATGc > 1:1485548/1‑71 (MQ=255)
aaaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGc > 1:5120749/1‑71 (MQ=255)
aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGcc > 1:327140/1‑71 (MQ=255)
aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGc > 1:2355841/1‑70 (MQ=255)
tGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:2817825/1‑71 (MQ=255)
tGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:2419095/1‑71 (MQ=255)
cgccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGAt < 1:1854511/36‑1 (MQ=255)
gccgAATGGGGATAGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGc > 1:866012/1‑46 (MQ=255)
cgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaagaa < 1:2322306/53‑1 (MQ=255)
aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCaa > 1:4452612/1‑70 (MQ=255)
aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAg < 1:3817752/71‑1 (MQ=255)
tGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3329748/1‑71 (MQ=255)
tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGaa > 1:5122455/1‑38 (MQ=255)
tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3066341/1‑71 (MQ=255)
tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:1272433/1‑71 (MQ=255)
tGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGc > 1:3391700/1‑71 (MQ=255)
gggATTGAATTGCATGTACTGGTCGATTGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1064080/71‑1 (MQ=255)
gggATTGAATTGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1201031/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTAGTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:212067/71‑1 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1711370/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:766258/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:429958/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:1888927/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:3314369/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:4352009/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:3483759/1‑48 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt > 1:3582195/1‑71 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:5011712/71‑1 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1462585/71‑1 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:206107/71‑1 (MQ=255)
gggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt > 1:3919690/1‑71 (MQ=255)
ggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGt < 1:430279/61‑1 (MQ=255)
aTTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGc < 1:461780/53‑1 (MQ=255)
tGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTg > 1:4995316/1‑70 (MQ=255)
tGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTg > 1:2141883/1‑70 (MQ=255)
|
AAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTG > W3110S.gb/918122‑918256
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
