Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,321,783 |
G→A |
12.3% |
intergenic (‑237/+257) |
gnd ← / ← galF |
gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,321,783 | 0 | G | A | 12.3%
| 178.0
/ 14.7
| 65 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (2/6); total (30/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321715‑1321851
|
ctcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:1259626/1‑71 (MQ=255)
ctcAATTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt > 1:1686174/1‑70 (MQ=255)
tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt < 1:2156508/69‑1 (MQ=255)
tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:703305/1‑70 (MQ=255)
aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCa < 1:1975190/70‑1 (MQ=255)
tttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGc > 1:1824001/1‑71 (MQ=255)
gATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTa > 1:3581105/1‑71 (MQ=255)
aTTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTat < 1:3208997/71‑1 (MQ=255)
ttAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTat > 1:3587669/1‑70 (MQ=255)
agGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGAc > 1:384082/1‑71 (MQ=255)
ggTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGAc > 1:1731709/1‑70 (MQ=255)
ggTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACg < 1:65953/71‑1 (MQ=255)
ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCg < 1:955032/71‑1 (MQ=255)
tAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:2648475/1‑71 (MQ=255)
tAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:3085113/1‑71 (MQ=255)
aTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGa > 1:2491610/1‑65 (MQ=255)
aTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:846411/70‑1 (MQ=255)
tGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc < 1:2145209/71‑1 (MQ=255)
gCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc > 1:1128269/1‑71 (MQ=255)
atgCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:458105/3‑71 (MQ=255)
cGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc > 1:3065811/1‑71 (MQ=255)
cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:3466152/71‑1 (MQ=255)
tACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:469986/70‑1 (MQ=255)
gCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCt < 1:412757/71‑1 (MQ=255)
gCCCCTGGCTTTACAGCTACAAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCgcgc > 1:3491008/1‑70 (MQ=255)
ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:1247147/71‑1 (MQ=255)
cTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc < 1:3216122/60‑1 (MQ=255)
ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1531043/1‑48 (MQ=255)
ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:405739/1‑57 (MQ=255)
tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:2329509/57‑1 (MQ=255)
tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:263252/57‑1 (MQ=255)
tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1820766/57‑1 (MQ=255)
tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1151567/57‑1 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:2522753/1‑56 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:679205/1‑56 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:3119198/1‑56 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:3473387/1‑56 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:754921/1‑56 (MQ=255)
tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:1314199/1‑56 (MQ=255)
aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1745353/1‑42 (MQ=255)
aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1392784/1‑42 (MQ=255)
aCAGCTACCAGAGCACTGCGTCCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:2924080/1‑42 (MQ=255)
aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:3286013/71‑1 (MQ=255)
aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:2920767/71‑1 (MQ=255)
aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:1314832/71‑1 (MQ=255)
aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:819760/71‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:302151/56‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:903412/56‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:433748/56‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:1391121/69‑1 (MQ=255)
cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTc > 1:2994782/1‑70 (MQ=255)
tACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:3593941/55‑1 (MQ=255)
cAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACg > 1:997433/1‑71 (MQ=255)
gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:3192127/51‑1 (MQ=255)
gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:1766211/51‑1 (MQ=255)
gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:2049097/51‑1 (MQ=255)
gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:3609611/51‑1 (MQ=255)
gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCt < 1:2520629/71‑1 (MQ=255)
gCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTaa < 1:2578808/71‑1 (MQ=255)
gCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAc > 1:2808104/1‑51 (MQ=255)
cACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAAt < 1:1886836/71‑1 (MQ=255)
tGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCt < 1:2789703/43‑1 (MQ=255)
cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa > 1:2400645/1‑43 (MQ=255)
cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc < 1:552992/70‑1 (MQ=255)
cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc < 1:1190884/70‑1 (MQ=255)
|
CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321715‑1321851
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
